Clue-mobilapplikationen beräknar och förutsäger en användares period, bördigt fönster och premenstruellt syndrom. Det informerar också användarna den mest eller minst troliga tiden för att bli gravid och låter dem spåra mer än 30 hälsokategorier, inklusive sex, sömn, smärta, motion, hår, hud, matsmältning, känslor och energi. Appen kan också förklara hur pillerdoser påverkar fertiliteten och innehåller ett larmsystem för att möjliggöra påminnelser för att ta piller.
under 2015 stängde företaget en serie A-finansieringsrunda och tillkännagav planer på att använda intäkterna för att utöka funktionerna i mobilappen och anställa mer personal. Clue samarbetade också med universitet som Stanford, Columbia University, University of Washington och University of Oxford för att främja kvinnlig hälsoforskning.
ledtråd integrerad med Apple Inc.HealthKit för iOS 9 i September 2015, vilket möjliggör data som kroppstemperatur, livmoderhalsslemkvalitet, menstruation, ägglossningstestresultat, sexuell aktivitet och spotting direkt till appen.
under 2016 var Clue tillgängligt på 15 språk på både iOS och Android. Samma år introducerade Clue en cykeldelningsfunktion och 2017 ett alternativ för pillspårning.
i februari 2018 gjorde Clue sin app tillgänglig på Fitbit Ionic smartwatch.