Venustiano Carranza vidtog inte så mycket åtgärder för att genomdriva de antikleriala artiklarna, men under Exceptylvaro Obregas administration ökade fientligheten mellan regeringen och kyrkans hierarki markant. Obregtusbasin utvisade några spanska präster från landet såväl som den påvliga Nuncio, Monsignor Ernesto Filippi. Men det var Plutarco El Auguias Calles, obreg Auguins efterträdare 1924, som tog kyrkans huvud på att föra en hård antiklerisk ideologi till ordförandeskapet. Han reagerade starkt på kyrkans hierarkis trots, särskilt på de offentliga uttalanden som gjordes av ärkebiskop Josaboric Mora y del Rio som fördömde de antiklerikala artiklarna i konstitutionen. Calles stängde kyrkor och kloster och fick två hundra utländska präster deporterade. Han hade till och med en biskop arresterad, försökt och dömd för att offentligt motsätta sig landets lagar. Och han införde en ny strafflag som fastställde påföljder från ett till fem år för präster och präster som kritiserade lagarna, myndigheterna eller regeringen. (Cam USBN & Meyer, s.87) Gräsrotsgrupper bildades snabbt för att protestera mot dessa handlingar. Dessa inkluderade Asociaci Actubcilkatten Actublica de la Juventud Mexicana (ACJM), Uniubciln Popular (UP) och Liga Nacional Defensora de La Libertad Religiosa (La Liga). Upprörda biskopar dök upp inför kongressen med en framställan om att upphäva lagarna, men till ingen nytta.
den 25 juli 1926 beslutade den mexikanska biskopen att avbryta all offentlig tillbedjan. Från och med den dagen skulle präster inte administrera något av sakramenten i hopp om att väcka offentligt stöd för kyrkan och mot Calles. (Gonz jacoblez, s. 211) ” förnekandet av religiösa tjänster skapade en djup kris bland hängivna katoliker.”(Gonz saudiaraz, s.211) när upproret inträffade gav emellertid de höga prästerna inte politisk riktning för rörelsen och Vatikanen var ännu mer försiktig och fruktade religiöst förtryck som de hade sett under de franska och bolsjevikiska revolutionerna. Många präster sökte tillflykt i hem för rika katoliker i stadscentrum eller de lämnade helt enkelt landet. Ledarskapet överlämnades till folkrörelserna, särskilt la Liga. Upproren, ledda av soldater från Kristus eller Cristeros, ägde rum främst i de centrala och västra regionerna i landet: Michoac Aubbicn, Jalisco, Guanajuato y Colima, där kyrkan hade varit starkt rotad sedan kolonitiden.
på grund av Cristeros brist på militär utbildning och förnödenheter förlitade de sig mest på gerillataktik som gjorde det svårt för national army att besegra dem. I juli 1927 rekryterade la Liga en tidigare Huertista general, Enrique Gorostieta, för att samordna deras ansträngningar. Han var inte nödvändigtvis en religiös man, utan han representerade de konservativa krafterna som inte hade rösträtt av revolutionen. Han publicerade ett manifest där han krävde ”rättvis jordreform med ersättning för hacendados samt återkallande av reformlagarna som hade avskalat kyrkan från dess specialdomstolar och haciendas. 215) eftersom Calles inte kunde dämpa detta uppror vände han sig senare till män som hade dragit nytta av revolutionens ”jordreform” och bad om deras stöd. Även om omfördelningen av mark alltid hade varit ett primärt mål för revolutionen, landet hamnade fortfarande koncentrerat i händerna på några kraftfulla ”agrariska krigsherrar.”Dessa krigsherrar ombads att höja bataljoner av ”agraristas” för att hjälpa de federala trupperna i kampen mot Cristeros.
år 1928 tjänade den amerikanska ambassadören Dwight Morrow som medlare mellan Vatikanen, den mexikanska katolska hierarkin och Calles-regeringen under samtal för en fredlig lösning av Cristero-problemet. Men dessa planer lades på is När senare samma år president-elect Alvaro Obreg Saborin mördades av en nitisk ung Katolik vid namn Jos Saboric de Le Saboric Toral. Calles utsåg sedan don Emilio Portes Gil till den provisoriska presidenten, som skulle ta på sig uppgiften att organisera ett nytt val. Under ordförandeskapet i Portes Gil återupplivade ambassadör Morrow fredsförhandlingarna, och i juni 1929 nåddes en överenskommelse mellan Portes Gil och ärkebiskopen Leopoldo Ruiz y Flores, som äntligen tog Cristero-kriget till ett slut. Enligt historikern Michael Gonzales var detta en bittersöt kompromiss där mycket lite verkligen löstes. Trots de tiotusentals liv som hade gått förlorade under kriget hade inget grundläggande förändrats politiskt. Anti-clerical lagar kvar i konstitutionen, men regeringen skulle inte genomdriva dem ”på ett sätt fientligt mot kyrkan.”Under de kommande åren skulle den federala regeringen alltmer etablera sin hegemoni över den katolska kyrkan, men prästerskapet skulle fortsätta att motstå, så mycket som möjligt, regeringens försök till utbildnings-och religiösa reformer. Gonzales konstaterar att det” blodiga dödläget ” där kriget slutade fortfarande lämnade olösta konflikterna mellan traditionell mexikansk kultur, starkt rotad i katolicismen, och målen för social reform av den revolutionära regeringen. (Gonzales, PP. 218-219)
— skriven av Elizabeth Garcia och Mike McKinley, maj 2004