en Bipartit Begomovirus
DNA-A av bipartit geminivirus kodar två proteiner (AV1 och AV2) i virion mening och fyra proteiner (AC1–AC4) i komplementär mening; DNA-B kodar ett protein vardera (BV1 och BC1) i virion och komplementär mening, respektive (figur 6.40 a). I MYMV DNA-A finns det två transkript i virion mening (Shivaprasad et al., 2005). Produkten från ORF AV1 översätts från ett transkript som börjar vid position 141 och det för AV2 från ett transkript som börjar vid position 137 (Figur 6.40B). Eftersom initieringskodonet för AV2 är i position 141 skulle översättning inte kunna starta från det kortare transkriptet eftersom det inte skulle finnas någon ledarsekvens. En liknande situation med läckande skanning avser MYMV DNA-B virion-sense transkription och översättning med läckande skanning av kort ORF BV2 kringgås för översättning av BV1.
transkription av komplementär känsla är mycket mer komplex och ger upphov till flera överlappande rna med vanliga 3′-ändar men skiljer sig åt i deras 5′-ändar. De tre kompletterande-sense RNA från TGMV – B-DNA översätter alla för att ge protein BC1 medan de från DNA-A har olika kodningsförmåga. Det största transkriptet, AC61 (transkript betecknas enligt deras 5′-ändar så AC61 är från den komplementära sidan av DNA-A som börjar vid nukleotid 61), som täcker hela vänster sida av DNA-A och är det enda RNA som ger Fulllängdsprotein (se kapitel 7, avsnitt VIII, D, 4 för Rep-proteiner). AC2540 och AC2515 kan uttrycka ORF AC4 och de minsta rna: erna (AC1935 och AC1629) anger respektive AC2 från deras första ORF och AC3 från deras andra ORF (Hanley-Bowdoin et al., 2000; Shung et al., 2006). Ac1629-promotorn innehåller en konserverad bindningsplats för kärnproteiner från tobak och Arabidopsis som är nödvändig för uttrycket av AC2 och AC3 (Tu och Sunter, 2007). AC2 uttrycks emellertid endast från AC1629-transkriptet medan AC3 uttrycks från båda transkripten. Man tror att AUG – översättningsinitieringskodoner inom 5 ’ UTR av AC1935-transkriptet kan reglera uttrycket av dessa genprodukter (Shung och Sunter, 2009). MYMV DNA-A har två stora komplementära avskrifter, en som börjar vid position 2649 som anses vara bicistronic transkript för AC1 och AC4 och en vid antingen positionerna 1649 eller 1646 som är bicistronic transkript för AC2 och AC3 (figur 6.40 B) (Shivaprasad et al., 2005). TGMV DNA-B har tre komplementära avtryck för BC1 (figur 6.40 a) (Hanley-Bowdoin et al., 2000). MYMV BC1 översätts från ett skarvat komplementärt sensutskrift (figur 6.40 B) (Shivaprasad et al., 2005). En femte förmodad ORF (AC5) identifierades i komplementär mening av DNA-A av WmCSV och ToCMoV men ingen aktivitet eller transkript hittades för det (Kheyr-Pour et al., 2000; Fontelle et al., 2007).
det finns karakteristiska eukaryota RNA-polymeras II-promotorsekvenser i den gemensamma regionen uppströms bipartite begomovirus-mRNA i var och en av de två DNA-komponenterna (Hanley-Bowdoin et al., 2000; Shivaprasad et al., 2005). Denna promotorregion är dubbelriktad. Transkription av var och en av RNA initierar 20-30 bp nedströms Tata box-motiven, medan de andra har sekvenser som liknar initiatorelement som överlappar deras 5′ – ändar. Promotorerna för tgmv complementary-sense AC61 och AC1629 mRNA och för virion-sense AV1 och BV1 rna har studerats i detalj. AC 61-promotorn kartlägger till TGMV-en gemensam region och stöder höga transkriptionsnivåer. Deletion mutagenes visade att det mesta av dess aktivitet bodde i 60 bp omedelbart före ac61-transkriptionsstartplatsen, en region som överlappar ursprunget för (+) – sträng DNA-syntes (se kapitel 7, avsnitt VIII, D, 2). Dessa mutationer i både värdfaktorbindningssekvenser och i G-box reducerad promotorfunktion visade de nära interaktionerna mellan transkription och replikering.
det finns olika mekanismer som reglerar dessa initiativtagares aktiviteter. Ac61-promotorn autoreguleras genom Rep-bindningsstället, förtrycket är specifikt för det homologa Repproteinet och tros involvera aktiv interferens med transkriptionsapparaten och inte bara steriskt hinder. AC4-proteinet reglerar också denna promotor negativt, det involverade cis-elementet är uppströms om g-boxen och skiljer sig från Repbindningsstället. Denna förtryck av uppströms transkription förbättrar AC2 – och ASC3-uttryck i TGMV (Shung and Sunter, 2007). De analoga promotorerna för de flesta andra begomovirus regleras förmodligen av liknande mekanismer men de av vissa skiljer sig i detalj (Hanley-Bowdoin et al., 2000; Shivaprasad et al., 2005; Usharani et al., 2006). BC1-promotorsekvenserna liknar AC61-promotorns men skiljer sig åt i transkriptionsstartplatsen och genom att Rep-proteinet inte reglerar det.
Begomovirus AC2 är ett viralt transkriptionsprotein (benämnt fälla) som transaktiverar i trans de sena virusgenerna AV1 (kodar för CP) och BV1 (kodar nukleärt shuttleprotein (NSP)) på DNA-a respektive DNA-B (Haley et al., 1992; Sunter och Bisaro, 1992). Tgmv-och CaLCV AC2-genen aktiverar CP-promotorn i mesofyllvävnader och derepressar promotorn i vaskulär vävnad (Lacatus och Sunter, 2008). Två oberoende sekvenser inom AC2 binder kärnproteiner från en mängd olika värdar. Man tror att dimerisering av AL2 tillsammans med fosforylering av detta protein modulerar dess förmåga att interagera med cellulärt protein och därmed fungera i regleringen av CP-produktion (Yang et al., 2007; Lacatus och Sunter, 2008). En studie av tgmv AV1-promotorn i transgena växter visade att dess reglering är komplex och styrs annorlunda i olika vävnader (Sunter och Bisaro, 1997). De vänster-och högerpromotorerna på MYMV DNA-B delar den AC2-responsiva regionen som inte överlappar den gemensamma regionen (Shivaprasad et al., 2005).