Ernest Renan växte upp i den mystiska, katolska franska provinsen Bretagne, där keltiska myter i kombination med sin mors djupt erfarna katolicism ledde detta känsliga barn att tro att han var avsedd för prästadömet. Han utbildades vid ecclesiastical college i tr Jacobguier, examen 1838 och åkte sedan till Paris, där han fortsatte de vanliga teologiska studierna vid St-Nicolas-du-Chardonnet och vid St-Sulpice. I sina minnen av barndom och ungdom (1883) berättade han den andliga krisen han gick igenom när hans växande intresse för vetenskapliga studier av Bibeln så småningom gjorde ortodoxi oacceptabel; han vann snart över till den nya ”vetenskapens religion”, en omvandling som främjades av hans vänskap med kemisten P. E. M. Berthelot.
Renan övergav seminariet och fick sin doktorsexamen i filosofi. Vid denna tid (1848) skrev han vetenskapens framtid men publicerade den inte förrän 1890. I detta arbete bekräftade han en tro på de underverk som skulle frambringas av en vetenskap som ännu inte förverkligats, men som han var säker på skulle komma.
arkeologiska expeditioner till Nära öst och vidare studier i Semitik ledde Renan till ett begrepp av religiösa studier som senare skulle kallas jämförande religion. Hans var en antropomorf syn, först publicerad i hans Jesu liv (1863), där han porträtterade Kristus som ett historiskt fenomen med historiska rötter och behövde en rationell, icke-mystisk förklaring. Med sin karakteristiska smidighet av intellekt skrev denna djupt fromma agnostiker ett djupt irreligiöst arbete som förlorade honom sin professur i den dominerande katolska atmosfären i andra imperiet i Frankrike.
Jesu liv var öppningsvolymen av Renans historia om kristendomens Ursprung (1863-1883), hans mest inflytelserika arbete. Hans grundläggande tes var att alla religioner är sanna och goda, för alla förkroppsligar människans ädlaste strävanden: han uppmanade varje man att uttrycka dessa sanningar på sitt eget sätt. För många gjorde en läsning av detta arbete religion för första gången levande sanning; för andra gjorde det religiös övertygelse omöjlig.
Frankrikes nederlag i det fransk-preussiska kriget 1870-1871 var för Renan, som för många fransmän, en djupt desillusionerande upplevelse. Om Tyskland, som han vördade, kunde göra detta mot Frankrike, som han älskade, var låg godhet, skönhet eller sanning? Han blev djupt skeptisk, men med smärtsam ärlighet han vägrade att förneka vad som tycktes ligga framför honom, averring istället att ”sanningen är kanske ledsen.”Han förblev sympatisk mot kristendomen och uttryckte det kanske mest rörande i sin bön på Akropolis i Aten (1876), där han bekräftade sin bestående tro på det grekiska sinnets liv men erkände att hans oundvikligen var en större värld, med sorger okända för gudinnan Athena; därför kunde han aldrig vara en sann son till Grekland, mer än någon annan modern.