Eugene Science Center grundades 1961 som Southwest Oregon Museum of Science and Industry (SWOMSI). SWOMSI fick initialt stöd från sin moderorganisation, Oregon Museum of Science and Industry (OMSI) i Portland, men blev snart ett oberoende museum med en styrelse bestående främst av lokala lärare.
SWOMSI ockuperade först Oregon Electric Railway Station, för närvarande Oregon Electric Station restaurant, belägen vid 5th Avenue och Willamette Street. Under sina tidiga år i Oregon Electric Järnvägsstation, SWOMSI erbjöd utställningar och klasser och sprang planetarium visar i Spitz Planetarium, en anläggning som drivs av OMSI.
1973, när han fann järnvägsstationen otillräcklig och Spitz Planetarium närmade sig slutet av sin livslängd, kontaktade SWOMSIS styrelse Lane County Commissioners för att be om utrymme i den nyskapade Alton Baker Park. Efter en paus från OMSI blev SWOMSI Willamette Science and Technology Center (WISTEC). Stora medel för det nya museet erhölls under ekonomisk Utvecklingsadministration och var och en av konsortiemedlemmarna (Lane Community College, Lane Education Service District, University of Oregon och WISTEC) bidrog väsentligt till projektet, ekonomiskt och genom in natura tjänster. Vid den tiden såldes Oregon Electric Railway Station och 50 000 dollar i wistec-medel sattes i byggandet av den nuvarande byggnaden i Alton Baker Park.
från 1978-79 byggdes wistec-byggnaden och det nya Planetariet. När staden Eugene tog kontroll över större delen av Alton Baker Park i mitten av 1980-talet tog det också ägande av WISTEC-byggnaden. WISTEC öppnade på sin nuvarande plats 1980. Planetariet var vid den tiden funktionellt och ekonomiskt skilt från Museet. Planetariet blev så småningom det enda ansvaret för Lane Education Service District och stängdes i December 2002 efter en finansieringskris. I januari 2002 bytte WISTEC namn till Science Factory och med överföringen av planetarium till Science Factory-ägande 2003 blev det Science Factory Children ’ s Museum & Planetarium. Namnet återgick till Science Factory 2016 och ändrades sedan formellt till Eugene Science Center i januari 2018.