när, var och hur mycket en gen uttrycks styrs främst av interaktionen mellan cis-regulatoriska DNA-sekvenser med trans-regulatoriska transkriptionsfaktorer (TFs). Förändringar i TF-bindningsställen bidrar till sjukdomstillstånd, fenotypisk mångfald bland friska individer och divergerande fenotyper mellan arter. Trots deras betydelse kvarstår många frågor om hur cis-regulatoriska DNA-sekvenser översätter TF-bindning till transkriptionsaktivitet (Wittkopp och Kalay 2012). Den snabba utvecklingen av gula förstärkare ger oss ett utmärkt tillfälle att studera utvecklingen av cis-regulatoriska sekvenser (Wittkopp et al. 2002; Gompel et al. 2005).
använda reportergener i D. melanogaster upptäckte vi att platserna för vävnadsspecifika förstärkare av pigmenteringsgenen gul har förändrat positioner i genomet bland arter (se figur) (Kalay och Wittkopp 2010). Sekvensanalys föreslog att detta var mer troligt på grund av den gradvisa förstärkningen och förlusten av transkriptionsfaktorbindningsställen än duplikationer eller omarrangemang. Detta gör det möjligt för oss att använda dessa regioner för att jämföra DNA-sekvens, TF-bindning och cis-regulatorisk aktivitet bland sekvenser som oberoende har förvärvat samma funktion såväl som bland ortologa DNA-sekvenser vars funktioner har divergerat.
för närvarande analyserar vi jäst-1-hybriddata som identifierar TFs som binder till artsspecifika förstärkare av gul, (2) lokaliserande sekvenser som är ansvariga för vävnadsspecifik aktivitet inom varje förstärkarregion och (3) använder information som erhållits från detta arbete för att belysa utvecklingsmekanismer som styr abdominalmönster under valputveckling.