Cleaver var ansvarig för att organisera en studentkonferens vid Fisk University i Nashville, Tennessee. Vid konferensen träffade Cleaver informationsministern för Black Panther Party, Eldridge Cleaver, som talade vid konferensen. Han hade precis kommit ut ur fängelset och publicerat Soul on Ice. Hon flyttade till San Francisco i November 1967 för att gå med i Black Panther Party, och bara en och en halv månad senare, strax efter jul, hade Eldridge och Kathleen gift sig. Hon gick ungefär tre till fyra veckor efter Huey Newton åtalades för att ha dödat en Oakland polis i en pre-drawn shootout. Det var i San Francisco som Kathleen blev kommunikationssekreterare för festen och arbetade med att organisera demonstrationer, skapa broschyrer, hålla presskonferenser, designa affischer och tala vid möten och på TV. Cleaver tillämpade allt som hon lärde sig från SNCC till Black Panther Party. Hon skapade positionen själv, motiverad av Julian Bond i SNCC. Trots att över två tredjedelar av Black Panthers medlemmar var kvinnor, Cleaver var en av endast ett fåtal att hålla ledande befattningar inom partiet. Cleaver blev kommunikationssekreterare och den första kvinnliga medlemmen i partiets beslutsfattande organ. Hon fungerade också som talesman och presssekreterare. I synnerhet organiserade hon den nationella kampanjen för att befria partiets försvarsminister, Huey Newton, som fängslades. Kathleen Neal Cleaver var bland en liten grupp kvinnor som var framträdande i Black Panther Party, som inkluderade Elaine Brown och Ericka Huggins.
den första stora attacken mot Black Panther Party var på 1960-talet av Los Angeles första SWAT-team någonsin. När några år gick hade 1971 nästan 30 av medlemmarna i black panther party dödats. Cleaver hade en svår tid att läka från bortgången av så många av hennes kollegor och har varit känslomässigt ärrad. Det som hjälpte henne mest var att gå till roten till allt, vilket var att hitta var ångest och trauma kom ifrån. När tiden gick, fanns det en grupp kvinnor från Black Panther Party, inklusive Cleaver, som skulle träffas och diskutera vad som hände med dem, återställa deras hälsa och återhämta sig från de skador och traumatiska upplevelser de mötte 1968 (samma år som hennes man sprang för president på freds-och Frihetsbiljetten) hon sprang för Kaliforniens 18: e delstatsförsamlingsdistrikt, också som kandidat för freds-och Frihetspartiet. Cleaver fick 2 778 Röster För 4,7% av den totala rösten och slutade tredje i ett lopp med fyra kandidater.
som ett resultat av deras engagemang i Black Panther Party var Cleavers ofta målet för polisutredningar. Cleavers lägenhet plundrades 1968 innan en Panther rally av San Francisco Tactical Squad misstänkt för att dölja vapen och ammunition. Senare det året, Eldridge Cleaver iscensatte en avsiktlig bakhåll av Oakland – poliser under vilka två poliser skadades. Cleaver skadades och kollega Black Panther medlem Bobby Hutton dödades i en shootout efter det första utbytet av skottlossning. Anklagad för mordförsök hoppade han borgen för att fly till Kuba och åkte senare till Algeriet.
när Cleaver återvände till USA uppgav han att skjutspelet var ett avsiktligt bakhåll mot polisen. Samma författare som bröt nyheten om detta påstående tvivlade på dess sanningsenlighet, eftersom det var i samband med ett okarakteristiskt tal där Cleaver uppgav ”Vi behöver polisen som hjältar” och sa att han fördömde civila granskningsnämnder för polisskjutningar av anledningen att ”det är en gummistämpel för mord.”Författaren spekulerar i att det kunde ha varit en lön till Alameda County justice system, vars domare bara några dagar tidigare hade gett Eldridge Cleaver probation istället för fängelsetid; Cleaver dömdes till samhällstjänst efter att ha blivit belastad med tre räkningar av övergrepp mot tre Oakland poliser. PBS-dokumentären A Huey Newton Story finner att ” Bobby Hutton sköts mer än tolv gånger efter att han redan hade överlämnat sig och tagit av sig underkläderna för att bevisa att han inte var beväpnad.”Under Kathleen Cleavers tid med Black Panther Party hjälpte hon till att mata människor, tillhandahöll medicinsk vård till familjer och tog familjer att besöka nära och kära i fängelse. Hon ”hjälpte också till att sätta ihop helande retreater för kvinnor som hade varit i Black Panther Party, kvinnor som hade bott under jorden, som hade torterats, som hade blivit utflyttade”