microRNA.org webbplats
Kategori Cross-Omics> kunskapsbaser/databaser / verktyg
Abstrakt den microRNA.org webbplatsen är en omfattande resurs (databas) av mikroRNA-målprognoser och uttrycksprofiler.
målprognoser baseras på en utveckling av miRanda-algoritmen som innehåller aktuell biologisk kunskap om målregler och om användningen av ett aktuellt kompendium av däggdjursmikrorna (se nedan…).
målplatserna som förutses av miRanda görs för Sannolikhet för mRNA-nedreglering med mirSVR, en regressionsmodell som tränas på sekvens och kontextuella funktioner i den förutsagda miRNA::mRNA duplex (se nedan…)
Uttrycksprofiler härrör från ett omfattande sekvenseringsprojekt av en stor uppsättning däggdjursvävnader och cellinjer med normalt ursprung och sjukdom.
denna webbplats gör det möjligt för användare att utforska:
1) uppsättningen gener som potentiellt regleras av en viss mikroRNA.
2) samtidig förekomst av förutsagda målställen för flera mikroRNA i ett mRNA.
3) mikroRNA expressionsprofiler i olika däggdjursvävnader.
ny version av Miranda target prediction algorithm –
målprognoser utförs med hjälp av miRanda-algoritmen som beräknar optimal sekvenskomplementaritet mellan en uppsättning mogna mikroRNA och ett givet mRNA med en viktad dynamisk programmeringsalgoritm.
för ytterligare detaljerad information om målprognoser, se papperet: microRNA.org resurs: mål och uttryck. Betel D, Wilson M, Gabow a, märken DS, Sander C., nukleinsyror Res. 2008 januari; 36 (Databas fråga): D149-53.
det har gjorts flera mindre korrigeringar och förenklingar av miRanda-källkoden. Ändringar inkluderar:
1) standardkommandoradargument ändrade till-sc 140-go -9-ge -4-en 1 (ingen energifiltrering);
2) gräns för utr-längd borttagen;
3) Överlappsfiltrering av förutsagda målplatser åtdragna; kräver överlappning i fröområdet för att filtrera; och
4) förskjutningar korrigerade i ”score for this scan”- utgångslinjer och-keyval-utgång.
förutsägelse av målplatser av miRanda –
på grund av webbplatsgränssnittets mer flexibla filtrering av förutsagda målplatser har tillverkarna använt en tröskelvärde för justeringspoäng på 120 istället för den tidigare tröskeln på 140.
som standard kommer webbplatsgränssnittet att filtrera bort många av dessa lägre poängwebbplatser, men du har flera kriterier som kan justeras så att du kan se dem.
poängering av förutsagda målplatser med mirSVR —
detaljer om mirSVR-poängmetoden finns i papperet: Omfattande modellering av mikroRNA-mål förutsäger funktionella icke-konserverade och icke-kanoniska platser. Betel D, Koppal A, Agius P, Sander C, Leslie C., Genombiologi 2010 11: R90.
kortfattat är mirSVR en ’regressionsmodell’ som beräknar en viktad summa av ett antal sekvens-och kontextfunktioner i den förutsagda miRNA::mRNA duplex. Funktionerna är i stort sett indelade i tre (3) typer:
1) Duplexfunktioner som inkluderar basparning i fröområdet och 3 ’ – änden av miRNA;
2) Sekvensfunktioner som inkluderar A/U-komposition nära målplatserna och sekundär struktur tillgänglighet; och
3) globala funktioner som längden på UTR, relativ position för målplatsen i UTR och bevarandepoäng.
mirSVR nedregleringspoäng kalibreras för att korrelera linjärt med omfattningen av nedreglering och möjliggör därför exakt poängering av gener med flera målplatser genom enkel tillsats av de enskilda målpoängen.
dessutom kan poängen tolkas som en empirisk Sannolikhet för nedreglering, vilket ger en meningsfull guide för att välja en poängavbrott.
dessutom möjliggör det sammansatta tillvägagångssättet för miRanda-genererade anpassningar och mirSVR-poäng den förnuftiga förutsägelsen av icke-kanoniska platser (de med felmatchning eller gu-vingling i fröområdet) utan att blåsa upp antalet falska förutsägelser.
augusti 2010-utgåvan av microRNA.org inkluderar alla målplatsförutsägelser som har antingen en 6-mer eller bättre fröplats, eller en mirSVR-poäng = -0.1.
MirSVR tar hänsyn till bevarande när man beräknar en poäng, så det finns inte längre någon fördefinierad cutoff för filtrering av målplatser.
användare kan dock begränsa gränssnittsdisplayen med bevarande som kriterium. Bestämningen av bevarandepoäng för förutsagda målplatser är nu känslig för platser som spänner över intron-korsningar.
augusti 2010-utgåvan av microRNA.org innehåller:
1) 16,228,619 förutspådde mikroRNA – målplatser i 34 911 distinkta 3 ’ UTR från isoformer av 19 898 humana gener.
2) 7 459 149 förutspådde mikroRNA-målställen i 28 287 distinkta 3 ’ UTR från isoformer av 19 231 musgener.
3) 586 068 förutspådde mikroRNA-målställen i 6 865 distinkta 3 ’ UTR från isoformer av 6 256 råttgener.
4) 345 671 förutspådde mikroRNA-målställen i 12 285 distinkta 3 ’ UTR från isoformer av 10 532 fruktflugggener.
5) 230 901 förutspådde mikroRNA-målställen i 12 228 distinkta 3 ’ UTR från isoformer av 10 124 nematodgener.
6) målplatser för 1100 humana mikroRNA.
7) mål platser för 717 mus mikroRNA.
8) målplatser för 387 råttmikrorna.
9) målplatser för 186 fruktfluga mikroRNA.
10) Målställen för 233 nematodmikrorna.
Obs! microRNA-målprognoserna och uttrycksdata är tillgängliga som tabbavgränsade filer. Se fliken Nedladdningar på microRNA.org webbplats.
Systemkrav
kontakta tillverkaren.
tillverkare
- Computational Biology Center (cBio)
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center
- York Avenue, Box #460
- New York, NY 10065 USA
- Tel: +1 646 888 2602 eller +1 646 888 2606
- Fax: +1 646 422 0717 1275
tillverkarens webbplats microRNA.org webbplats
pris kontakta tillverkaren.
G6G Abstrakt nummer 20748
G6G tillverkarens nummer 104331