före statskap organiserade Baptistförsamlingar nära Natchez sig i September 1807 i en förening vid Bethel church på Bayou Sara, även om det föregående året i Salem church hade sex kyrkor träffats för samma ändamål. Mississippi Baptist Association antog ’trosartiklar & gospel order’ och publicerade sina förfaranden de följande åren med många referenser till Thomas Mercer och David Cooper.
en andra organisation följt av konventionens Titel. Den första Mississippi Baptist Convention varade bara fem år, från februari 1824, då den först träffades kl Bogue Chitto Church i Pike County, till 1829, efter att ha mött så mycket motstånd att man enades om att den upplöstes 1828.
den andra konventionen bildades den 23-4 December 1836. Dess första president var Ashley Vaughan och dess första motsvarande Sscretary S. S. Lattimore. Lattimore var fortfarande dess president 1852. Motsvarande Sekreterare det året var W. J. Denson, och Inspelningssekreteraren var J. T. Freman.
år 1857 inrättade konventionen en tidning, Mississippi Baptist, med J. T. Freeman som redaktör.
samma år uttryckte konventet sin åsikt om avskaffandet av slaveri och sa att det var ett försök ”att förringa slavbefolkningens sociala, civila och religiösa privilegier”. Baptistkyrkor i staten hade utövat segregering i några år. Konventet hade rapporterat 1938 ”att några få av våra kyrkor och några av våra Metodistvänner har antagit planen att hålla separata möten för de svarta; och att en sådan kurs är allmänt deltog med ett ökat intresse bland dem”.
kvinnors samhällen var några av de största ekonomiska anhängare av konventionen i början av 19-talet. År 1875 erkände konventionen formellt kvinnoorganisationer.