de tre tonårspojkarna anklagades för mord och konspiration för att begå mord. En domare bestämde att de skulle prövas som vuxna. De fängslades i sex månader som åklagare beredda att prova dem. Men när Treadways rättegång var på väg att börja i januari 1999 hittade försenad DNA-testning tre droppar Stephanies blod på en skjorta som tillhör Tuite. Baserat på de nya bevisen avvisades anklagelserna mot pojkarna utan fördomar (vilket skulle göra det möjligt att återställa anklagelser mot pojkarna vid ett senare tillfälle).
generad av omkastningen lät Escondido-polisen och San Diego County District Attorney fallet försvinna utan anklagelser i två år. År 2001 Bad distriktsadvokaten och San Diego County Sheriff ’ s Department att ärendet skulle tas över av Kaliforniens justitieministerium. I maj 2002 anklagade justitieministern Tuite för att ha mördat Stephanie. Rättegången inleddes i februari 2004. På den första dagen av juryns val, Tuite gick bort från rättssalen hålltank under lunchtimmen efter att ha befriat sig från handbojor; han lämnade tingshuset och gick ombord på en buss. Han fångades timmar senare. Vid rättegången kopplade åtalet Tuite till Stephanies död genom att presentera både omständigheter och fysiska bevis, inklusive bevis för att Stephanies blod var på hans kläder. Tuites försvarsteam hävdade att pojkarna hade dödat Stephanie, och att Stephanies blod hittades på Tuites kläder som ett resultat av förorening orsakad av slarvigt polisarbete. Den 26 maj 2004 frikände juryn Tuite för mord men dömde honom för det mindre inkluderade brottet om frivilligt mord. Juryn fann också att han använde ett dödligt vapen, en kniv. Domstolen dömde Tuite till tretton års fängelse. Han hade därefter ytterligare fyra år lagt till Domen på grund av sitt flygförsök.
familjerna till alla tre pojkarna stämde städerna Escondido och Oceanside. Crowes nådde en uppgörelse på 7,25 miljoner dollar 2011. År 2012 gjorde domare Kenneth den sällsynta domen att Michael Crowe, Treadway och Houser faktiskt var oskyldiga för anklagelserna och permanent avskedade brottmålet mot dem.
Tuite överklagade sin övertygelse till California Court of Appeal och väckte flera påståenden, inklusive ett påstående om att hans sjätte ändringsrättigheter kränktes eftersom han uteslöts från att helt undersöka ett åtal. Den 14 December 2006 bekräftade hovrätten i ett långt opublicerat yttrande. Domstolen fann att rättegångsdomaren hade begått konstitutionellt fel i att begränsa korsförhöret, men ansåg att felet var ofarligt och bekräftade övertygelsen. Högsta domstolen i Kalifornien nekade granskning. Den federala tingsrätten förnekade Tuites framställan för habeas corpus. Den 8 September 2011 röstade en panel från US Court of Appeals for the Ninth Circuit 2-1 för att upphäva Tuites fällande dom, där rättegången var orättvis eftersom rättegångsdomaren begränsade korsförhör av ett åtalvittne. Panelen uttalade i sitt yttrande, ”med tanke på bristen på bevis som binder Tuite till brottet, problemen med DNA-bevisen, juryns dödläge och kompromissdom, och vikten och den strategiska positionen i Mccrarys vittnesbörd, är detta fall en av de ”ovanliga” omständigheter där vi befinner oss ” i virtuell jämnmod när det gäller felaktigheten.’O’ Neil mot McAninch, 513 USA 432, 435 (1995). Vi måste behandla felet som påverkar domen, och vi är tvungna att bevilja stämningen.”Tuite v. Martel, nr 09-56267. Det konstaterades att under rättegången åtalet inte kunde producera några spår bevis på huset på svarandens kläder eller person inte heller var några spår bevis på svarandens person eller kläder finns i huset, fakta som hovrätten citerade som ledde till domstolens fastställande av brist på bevis.
Tuite beviljades en ny rättegång, som började den 24 oktober 2013. I avslutande argument, hans advokat, Brad Patton, berättade jurymedlemmar att Tuite aldrig hade varit i Crowe house, och skulle inte ha kunnat hitta Stephanie sovrum i mörkret hem. Dessutom hittade utredarna inte hans fingeravtryck eller DNA i bostaden. Patton sa att Stephanie måste ha hållits nere under en tröstare för att hålla henne tyst, medan någon annan knivhögg henne. Han sa också att experter vittnade om att blodfläckarna på Tuites skjortor inte var där när dessa skjortor ursprungligen utvärderades och kom dit genom förorening under brottsplatsanalysen. Åklagaren, biträdande justitieminister Alana Butler, sade under sin avslutande argument att Tuite var i området Crowe hem natten Stephanie dödades. Han knackade på dörrar och letade efter en kvinna som heter Tracy, på vilken han var arg för att hon hade vänt honom bort ett par år tidigare. Han var ”besatt och vilseledande”. Butler sa att Tuite vandrade in i Crowe-hemmet klockan 10 genom en öppen dörr. En gång kom han in i huset, hon kunde inte berätta exakt vad som hände, men han gick in i Stephanies sovrum och knivhögg henne minst nio gånger, och hennes blod hittades på två skjortor som han hade på sig när han kontaktades av polisen nästa dag.
den 5 December 2013 återvände juryn en dom om icke skyldig. Efteråt sa en jurymedlem att det inte fanns några bevis för att Tuite någonsin var i Crowe-bostaden den natten och att jurymedlemmarna var oroliga för att offrets blod kunde ha kommit på hans skjortor genom förorening, så de tittade hårt på den möjligheten.