fem typer av zymogener av pepsiner, gastriska matsmältningsproteinaser, är kända: pepsinogener A, B och F, progastricsin och prochymosin. Aminosyran och / eller nukleotidsekvenserna av mer än 50 andra pepsinogener än pepsinogen B har hittills bestämts. Fylogenetiska analyser baserade på dessa sekvenser indikerar att progastricsin divergerade först följt av prochymosin och att pepsinogenerna A och F är närmast besläktade. Tertiära strukturer, klargjorda genom röntgenkristallografi, är vanligtvis bilobala med en stor aktiv plats mellan loberna. Två aspartater i mitten av klyftan, Asp32 och Asp215, fungerar som katalytiska rester, och sålunda klassificeras pepsinogener som asparaginproteinaser. Omvandling av pepsinogener till pepsin fortsätter autokatalytiskt vid surt pH genom två olika vägar, en enstegsväg för att frigöra det intakta aktiveringssegmentet direkt och en stegvis väg genom en pseudopepsin(s). Den aktiva platsen är tillräckligt stor för att rymma minst sju rester av ett substrat, vilket bildar S4 genom S3′ subsites. Hydrofoba och aromatiska aminosyror föredras vid P1-och P1-positionerna. Interaktioner vid ytterligare underplatser är viktiga i vissa fall, till exempel med klyvning av Chymosin av Chymosin. Två potenta naturligt förekommande hämmare är kända: pepstatin, en pentapeptid från Streptomyces och en unik proteinhämmare från Ascaris. Pepsinogengener består av nio exoner och kan vara multipla, särskilt för pepsinogen A. Den senare och progastricsin dominerar hos vuxna djur, medan pepsinogen F och prochymosin är huvudformerna i fostret/spädbarnet. Växlingen av genuttryck från foster/spädbarn till pepsinogener av vuxen typ under postnatal utveckling är anmärkningsvärd och regleras av flera faktorer, inklusive steroidhormoner.