stam-loopar förekommer i pre-mikroRNA strukturer och mest känt i överföring RNA, som innehåller tre sanna stam-loopar och en stam som möts i en klöverblad mönster. Antikodonen som känner igen ett kodon under översättningsprocessen ligger på en av de oparade slingorna i tRNA. Två kapslade stam-loop strukturer förekommer i RNA pseudoknots, där slingan av en struktur utgör en del av den andra stammen.
många ribozymer har också stam-loop-strukturer. Det självklyvande hammerhead-ribozymet innehåller tre stamöglor som möts i en central oparad region där klyvningsplatsen ligger. Hammerhead ribozyms grundläggande sekundära struktur krävs för självklyvningsaktivitet.
Hårnålslingor är ofta element som finns inom 5 ’ utr av prokaryoter. Dessa strukturer är ofta bundna av proteiner eller orsakar dämpning av ett transkript för att reglera översättning.
mRNA-stam-loop-strukturen som bildas vid ribosombindningsstället kan kontrollera en initiering av översättning.
stam-loop strukturer är också viktiga i prokaryota rho-oberoende transkription avslutning. Hårnålslingan bildas i en mRNA-sträng under transkription och får RNA-polymeraset att dissocieras från DNA-mallsträngen. Denna process är känd som rho-oberoende eller inneboende avslutning, och de involverade sekvenserna kallas terminatorsekvenser.