i den bibliska berättelsen, efter slutförandet av erövringen av Kanaan av israeliterna, Joshua tilldelade landet bland de tolv stammarna. Kenneth Kitchen, en välkänd biblisk arkeolog, daterar denna händelse till något efter 1200 FVT, medan andra forskare bestrider historiciteten i Joshua-boken.
Naftali bosatte sig på den östra sidan av Galileen (i omedelbar väster om Galileiska sjön), i de områden som nu kallas nedre Galileen och övre Galileen, gränsade i väster av Asher, i norr av Dan, i söder av Sebulon och vid Jordanfloden i öster. Den viktigaste staden var Hazor.
gränsar till Galileiska sjön, det var mycket bördig slätt Gennesaret, kännetecknas av Josephus som ambitionen om naturen, ett jordiskt paradis, och med den södra delen av regionen fungerar som en naturlig pass mellan högländerna i Kanaan, flera stora vägar (såsom de från Damaskus till Tyrus och Acre) sprang genom den. Välståndet som denna situation medför är till synes profeterat i Moses välsignelse, även om textforskare ser detta som en postdiktion, dejting dikten till långt efter att stammen hade etablerats i landet.
från efter erövringen av landet av Joshua fram till bildandet av det första kungariket Israel i c. 1050 f.Kr., stammen Naftali var en del av en lös konfederation av israelitiska stammar. Ingen central regering fanns, och i krisetider leddes folket av ad hoc-ledare som kallades domare (se Domarboken). Med tillväxten av hotet från kälkborgerliga intrång beslutade de israelitiska stammarna att bilda en stark centraliserad monarki för att möta utmaningen, och stammen Naftali gick med i det nya kungariket med Saul som den första kungen. Efter Sauls död förblev alla andra stammar än Juda lojala mot Sauls hus, men efter Ish-boseths död, Sauls son och efterträdare till Israels tron, gick Naftali-stammen med i de andra Norra israelitiska stammarna för att göra David, som då var Juda konung, kung i ett återförbund av Israel. Men vid anslutningen av Rehabeam, Davids sonson, i c. 930 f.Kr. de norra stammarna delade sig från Davids Hus för att reformera ett rike Israel som norra kungariket.
i c. 732 f.Kr. hotade peka med Rezin, konungen i Aram, Jerusalem, Och Ahas, Juda konung, vädjade till Tiglat-Pileser III, kungen i Assyrien, om hjälp. Efter Ahas hyllade Tiglath-Pileser, (2 Kungaboken 16:7-9) Tiglath-Pileser plundrade Damaskus och Israel, annektera Aram och en stor del av Israel, ”inklusive hela landet Naftali.”Enligt 2 Kungaboken 16: 9 och 15: 29 deporterades befolkningen i Aram och den bifogade delen av Israel till Assyrien. Konungariket Israel fortsatte att existera fram till c.723 f. Kr., då det återigen invaderades av Assyrien och resten av befolkningen deporterades.
från den tiden har stammen Naftali räknats som en av de tio förlorade stammarna i Israel. Psaltaren 1: 24