AdvantagesEdit
när TopHat först kom ut var det snabbare än tidigare system. Den kartlade mer än 2,2 miljoner läsningar per CPU-timme. Den hastigheten gjorde det möjligt för användaren att bearbeta och hela RNA-Seq-experimentet på mindre än en dag, även på en vanlig stationär dator. Tophat använder Bowtie i början för att analysera läsningarna, men gör sedan mer för att analysera läsningarna som spänner över exon-exon-korsningar. Om du använder TopHat för RNA-Seq-data får du mer läsning Anpassad mot referensgenomet.
en annan fördel för TopHat är att det inte behöver förlita sig på kända skarvplatser när man anpassar läsningar till ett referensgenom.
Nackdelaredit
TopHat är i ett lågt underhåll, lågt supportstadium och innehåller programvarufel som har skapat 3: e parts efterbehandlingsprogramvara för att korrigera. Det har ersatts av HISAT2, vilket är mer effektivt och exakt och ger samma kärnfunktionalitet (skarvad inriktning av RNA-Seq läser).
nyare protokoll är effektivare nu, jämfört med TopHat som manschettknappar, STAR och limma.
