AdvantagesEdit
Quando TopHat è uscito per la prima volta, era più veloce dei sistemi precedenti. Ha mappato più di 2,2 milioni di letture per ora di CPU. Quella velocità ha permesso all’utente di elaborare e intero esperimento RNA-Seq in meno di un giorno, anche su un computer desktop standard. Tophat usa Bowtie all’inizio per analizzare le letture, ma poi fa di più per analizzare le letture che abbracciano le giunzioni esone-esone. Se si utilizza TopHat per i dati RNA-Seq, si otterrà più leggere allineati contro il genoma di riferimento.
Un altro vantaggio per TopHat è che non ha bisogno di fare affidamento su siti di giunzione noti quando si allineano le letture a un genoma di riferimento.
Svantaggiedit
TopHat si trova in una fase di bassa manutenzione e supporto e contiene bug software che hanno generato software di post-elaborazione di terze parti da correggere. E ‘ stato sostituito da HISAT2, che è più efficiente e preciso e fornisce la stessa funzionalità di base (allineamento impiombato di RNA-Seq legge).
I protocolli più recenti sono più efficienti ora, rispetto a TopHat come gemelli, STAR e limma.
