Set i Canada centrerer Obasan om minderne og oplevelserne fra Naomi Nakane, en 36-årig skolelærer, der bor i den landlige canadiske by Cecil, Alberta, når romanen begynder. Naomis onkels død, som hun havde boet som barn med, får Naomi til at besøge og pleje sin enke tante Aya, som hun omtaler som Obasan (Obasan er det japanske ord for “tante” i denne sammenhæng). Hendes korte ophold hos Obasan bliver igen en lejlighed for Naomi til at revidere og rekonstruere til minde om sine smertefulde oplevelser som barn under og efter Anden Verdenskrig ved hjælp af en kasse med korrespondance og tidsskrifter sendt til hende af sin tante Emily, der beskriver årene med de foranstaltninger, som den canadiske regering har truffet mod de japanske borgere i Canada og deres eftervirkninger. Ved hjælp af Tante Emilys breve lærer Naomi, at hendes mor, der havde været i Japan før bombningen af Pearl Harbor, blev alvorligt såret af atombomben, der blev kastet på Nagasaki; et fund, der ændrer hendes perspektiv på ‘krigen i Stillehavet’ og genopliver den hjertesorg, hun oplevede som barn.
Naomis fortælling væver således to historier, en af fortiden og en anden af nutiden, der blander oplevelse og erindring, historie og hukommelse igennem. Naomis kamp for at komme overens med både tidligere og nuværende forvirring og lidelse udgør kernen i romanens plot.
selvom Obasan er fiktion, afspejler begivenhederne, parlamentariske juridiske dokumenter og den samlede forestilling om racisme virkeligheden. Gennem øjnene på fiktive figurer, Kogava fortæller historien om Japansk-canadiere under Anden Verdenskrig.