Obasan spielt in Kanada und konzentriert sich auf die Erinnerungen und Erfahrungen von Naomi Nakane, einer 36-jährigen Lehrerin, die zu Beginn des Romans in der ländlichen kanadischen Stadt Cecil, Alberta, lebt. Der Tod von Naomis Onkel, mit dem sie als Kind zusammengelebt hatte, veranlasst Naomi, ihre verwitwete Tante Aya zu besuchen und sich um sie zu kümmern, die sie als Obasan bezeichnet (Obasan ist in diesem Zusammenhang das japanische Wort für „Tante“). Ihr kurzer Aufenthalt bei Obasan wiederum wird für Naomi zu einer Gelegenheit, ihre schmerzhaften Erfahrungen als Kind während und nach dem Zweiten Weltkrieg mit Hilfe einer Schachtel mit Korrespondenz und Tagebüchern, die ihr von ihrer Tante Emily geschickt wurden, in Erinnerung zu rufen und zu rekonstruieren, in der die Jahre der Maßnahmen der kanadischen Regierung gegen die japanischen Staatsbürger Kanadas und ihre Nachwirkungen beschrieben werden. Mit Hilfe von Tante Emilys Briefen erfährt Naomi, dass ihre Mutter, die vor der Bombardierung von Pearl Harbor in Japan gewesen war, durch die auf Nagasaki abgeworfene Atombombe schwer verletzt wurde; ein Befund, der ihre Perspektive auf den ‚Krieg im Pazifik‘ ändert und den Herzschmerz, den sie als Kind erlebt hat, wieder aufleben lässt.
Noomis Erzählung verwebt somit zwei Geschichten, eine von der Vergangenheit und eine andere von der Gegenwart, und vermischt Erfahrung und Erinnerung, Geschichte und Erinnerung. Naomis Kampf, sich mit vergangener und gegenwärtiger Verwirrung und Leiden auseinanderzusetzen, bildet den Kern der Handlung des Romans.
Obwohl Obasan Fiktion ist, spiegeln die Ereignisse, parlamentarischen Rechtsdokumente und die allgemeine Vorstellung von Rassismus die Realität wider. Durch die Augen fiktiver Charaktere erzählt Kogawa die Geschichte der Japanisch-Kanadier während des Zweiten Weltkriegs.