Ambientada en Canadá, Obasan se centra en los recuerdos y experiencias de Naomi Nakane, una maestra de escuela de 36 años que vive en la ciudad rural canadiense de Cecil, Alberta, cuando comienza la novela. La muerte del tío de Naomi, con quien había vivido de niña, lleva a Naomi a visitar y cuidar a su tía viuda Aya, a quien se refiere como Obasan (Obasan es la palabra japonesa para «Tía» en este contexto). Su breve estancia con Obasan, a su vez, se convierte en una ocasión para que Naomi revisite y reconstruya en memoria sus dolorosas experiencias de niña durante y después de la Segunda Guerra Mundial, con la ayuda de una caja de correspondencia y diarios que le envió su tía Emily, detallando los años de las medidas tomadas por el gobierno canadiense contra los ciudadanos japoneses de Canadá y sus secuelas. Con la ayuda de las cartas de tía Emily, Naomi se entera de que su madre, que había estado en Japón antes del bombardeo de Pearl Harbor, fue gravemente herida por la bomba atómica lanzada sobre Nagasaki; un hallazgo que cambia su perspectiva de la «Guerra en el Pacífico» y reaviva la angustia que experimentó de niña.
La narración de Naomi entrelaza así dos historias, una del pasado y otra del presente, mezclando experiencia y recuerdo, historia y memoria. La lucha de Naomi para llegar a un acuerdo con la confusión y el sufrimiento pasados y presentes forman el núcleo de la trama de la novela.
Aunque Obasan es ficción, los acontecimientos, los documentos legales parlamentarios y la noción general de racismo reflejan la realidad. A través de los ojos de personajes de ficción, Kogawa cuenta la historia de los japoneses-canadienses durante la Segunda Guerra Mundial.