Glándulas y toxinas
Las glándulas de los arácnidos suelen ser peculiares de órdenes individuales. En las arañas, la seda se almacena como un líquido viscoso en las glándulas de seda, que se encuentran dentro del abdomen. El número de hileras, a través de las cuales se extruye el material glandular, es variable. El líquido viscoso, una proteína, pasa a través de diminutos tubos en las puntas de las hileras y cambia de hilo líquido a sólido. Se produce un reordenamiento estructural de las moléculas de proteína cuando la seda se extrae de una gotita de seda. La seda de los pseudoscorpiones es producida por una hilera ubicada en una proyección móvil de los quelíceros. Los pocos ácaros que producen seda tienen glándulas en el área de la boca.
Las sustancias tóxicas son secretadas por glándulas especiales que se encuentran en los quelíceros de las arañas, en los pedipalpos de los falsos escorpiones y en las glándulas venenosas de los escorpiones. Estas sustancias y sus efectos difieren incluso dentro de especies del mismo orden. El veneno fuertemente alcalino de las arañas es mucho menos venenoso para los mamíferos que para los artrópodos. Las mordeduras de arañas de los géneros Loxosceles (reclusa parda) y Latrodectus (viuda negra) pueden causar molestias en los seres humanos, mientras que las de las viudas pueden causar enfermedades graves. El veneno de la mayoría de los escorpiones, lo suficientemente tóxico como para matar a la mayoría de los invertebrados, generalmente no es peligroso para los humanos. Sin embargo, los venenos de algunos géneros de escorpión (Androctonus y Buthus de África, varias especies de Centruroides de México, Arizona y Nuevo México) son venenos nerviosos altamente tóxicos. Se desconoce la toxicidad del veneno de los pseudoscorpiones. Las glándulas pareadas ubicadas cerca del ano de los escorpiones látigo secretan ácidos específicos (ácido fórmico y ácido acético) que sirven como irritantes y aparentemente se usan para la defensa. Las aberturas de glándulas odoríferas pareadas se encuentran en el cefalotórax de las patas largas de papá; cuando se irritan, estos animales secretan un fluido que contiene ácido ciánico que probablemente sirve para repeler a los depredadores.