Tras la muerte de la liga original, los Monarchs pasaron varios años como un equipo independiente, en su mayoría recorriendo el Medio Oeste, Oeste y oeste de Canadá. Con frecuencia hicieron giras con el equipo de béisbol House of David. Los miembros del Salón de la Fama Hilton Smith, un lanzador, y Willard Brown, un campocorto/jardinero con un promedio de bateo consistente de más .300, se convirtieron en pilares del monarca durante este tiempo. Durante la década de 1940, Willard Brown se convirtió en el bateador de jonrones de los Monarcas. Con Andy Cooper al frente, los Monarcas se convirtieron en miembros fundadores de la Liga Americana Negra en 1937, ganando el primer título de liga. Andy Cooper fue el responsable de liderar a los Monarcas para llevar el banderín a casa en 1939 y 1940. Los Monarcas de Kansas City ganaron los siguientes dos campeonatos de liga y ganaron ganando la renovada Serie Mundial de la Liga Negra en 1942 en cuatro juegos consecutivos contra los Homestead Grays.
Al comienzo de esta carrera, los Monarchs adquirieron a su jugador más famoso, el lanzador del Salón de la Fama Satchel Paige, quien desde su temporada de novato en 1927 se había ganado una reputación como el mejor lanzador en béisbol negro para los Barones Negros de Birmingham, los Crawford de Pittsburgh y varios otros equipos. Sufría de una lesión en el brazo y generalmente se creía que estaba hecho, Paige se unió al equipo B de los Monarcas en 1939; en 1940 se había recuperado y había sido llamado al equipo principal de los Monarcas, donde se convirtió en su carta de dibujo superior. Paige fue objeto de muchas historias, tanto verdaderas como folclóricas, y se convirtió en una leyenda para la gente que ni siquiera sigue el béisbol. Por ejemplo, era conocido por haber sabido que los jardineros se sentaban en el suelo detrás de él mientras ponchaba al bateador y había alguien en la base que posiblemente podría empatar el juego. Paige también se calentó antes de lanzar en un juego lanzando a través de un envoltorio de goma como plato principal. Paige lideró otro equipo de Monarchs soberbios que incluía al compañero del Salón de la Fama Hilton Smith, el veterano Chet Brewer, Booker McDaniels, Jim LaMarque y varios otros. Ganaron un último banderín NAL en 1946, pero perdieron una Serie Mundial de siete juegos ante los Newark Eagles;en esta serie, perdieron cuatro juegos y ganaron tres.
En 1945, la estrella de fútbol de la UCLA y teniente del Ejército Jackie Robinson bateó .387 como el campocorto de los Monarcas. Se convirtió en el primer Monarca en dar el salto al béisbol blanco, firmando con los Dodgers de Brooklyn en 1946. Rompió la línea de color de las ligas menores en 1946 con los Montreal Royals, e integró las ligas mayores con los Dodgers en 1947. A medida que el béisbol se fue separando gradualmente a finales de los años 1940 y 1950, los Monarcas desarrollaron un nicho como el principal desarrollador de talento negro para las grandes ligas. El equipo envió a más jugadores a las ligas mayores que cualquier otra franquicia de la liga negra, incluidos Robinson, Paige, Ernie Banks, Elston Howard, Hank Thompson y Willard Brown.
Newt Allen sucedió a Cooper como mánager en 1941, y fue seguido por Frank Duncan en 1942. Duncan permaneció en el timón durante la temporada de 1947 ganando dos títulos de liga y un título mundial. Después de que Duncan dimitiera, el veterano de la primera base Buck O’Neil se hizo cargo. Luego, los Monarcas perdieron el título de liga ante los Barones Negros de Birmingham en 1948, lo que les impidió aparecer en la última Serie Mundial Negra. 1948 también fue el año en que Wilkinson vendió a los Monarchs a Tom Baird, dueño del equipo durante sus días de ligas menores en la década de 1950. Los Monarchs ganaron el banderín de la primera mitad de la división occidental de la liga en 1949, pero se negaron a participar en un playoff con los Chicago American Giants, ya que su plantilla se agotó por las ventas de jugadores a clubes de grandes ligas. Ganaron el título de la División Oeste de la NAL en 1950, pero no se enfrentaron a los payasos de Indianápolis ese año. Ganaron un banderín de media temporada en 1951, pero perdieron un playoff. O’Neil ganó sus dos únicos títulos de liga en 1953 y 1955, con un último puesto intercalado en 1954, cuando la Liga Negra Americana de la década de 1950 disminuyó en calidad y se redujo en tamaño, mientras que en el proceso preparaba a varios jugadores de grandes ligas.