efter den ursprungliga ligans död tillbringade monarkerna flera år som ett oberoende lag, mestadels barnstorming genom Mellanvästern, väst och västra Kanada. De turnerade ofta med House of David basebollag. Hall of Famers Hilton Smith, en kanna och Willard Brown, en slugging shortstop/outfielder med ett konsekvent slagmedelvärde på över .300, blev Monarkstöd under denna tid. Under 1940-talet blev Willard Brown go-to home run hitter för monarkerna. Med Andy Cooper nu vid rodret blev Monarchs chartermedlemmar i Negro American League 1937 och vann den första ligatiteln. Andy Cooper var ansvarig för att leda monarkerna att ta hem vimpeln 1939 och 1940. Kansas City Monarchs vann sedan de kommande två ligamästerskapen och vann den förnyade Negro League World Series 1942 i fyra raka matcher mot Homestead Grays.
i början av denna körning förvärvade Monarchs sin mest kända spelare, Hall of Fame kanna Satchel Paige, som sedan sin rookiesäsong 1927 byggt ett rykte som den bästa hurler i svart baseball för Birmingham Black Barons, Pittsburgh Crawfords och flera andra lag. Lider av en armskada och allmänt tros vara gjort, gick Paige med i Monarchs B-team 1939; 1940 hade han återhämtat sig och kallats till Monarchs huvudgrupp, där han blev deras bästa ritningskort. Paige var föremål för många historier, både sanna och folklore, och blev en legend för människor som inte ens följer baseball. Till exempel, Han var känd för att ha känt outfielders att sitta på marken bakom honom medan han slog ut torped och det fanns någon på bas som skulle kunna binda upp spelet. Paige värmde också upp innan han slog i ett spel genom att kasta över ett gummiomslag som hemplatta. Paige ledde en annan fantastisk Monarchs personal som inkluderade Hall of Famer Hilton Smith, veteranen Chet Brewer, Booker McDaniels, Jim LaMarque och flera andra. De vann en sista slutvimpel 1946, men förlorade en sju-spel World Series till Newark Eagles; i denna serie förlorade de fyra matcher och vann tre.
1945 slog UCLA fotbollsstjärna och Army lieutenant Jackie Robinson.387 som monarkernas shortstop. Han blev den första monarken som hoppade till vit baseboll och undertecknade med Brooklyn Dodgers 1946. Han bröt minor league color line 1946 med Montreal Royals och integrerade de stora ligorna med Dodgers 1947. När Baseboll gradvis desegregerades i slutet av 1940-och 1950-talet utvecklade monarkerna en nisch som den främsta utvecklaren av svart talang för de stora ligorna. Laget skickade fler spelare till majors än någon annan Negro league-franchise, inklusive Robinson, Paige, Ernie Banks, Elston Howard, Hank Thompson och Willard Brown.
Newt Allen efterträdde Cooper som chef 1941 och följdes av Frank Duncan 1942. Duncan stannade vid rodret genom säsongen 1947 och vann två ligatitlar och en världstitel. Efter att Duncan gick ner tog den långvariga första baseman Buck O ’ Neil över. Sedan förlorade monarker ligatiteln till Birmingham Black Barons 1948 vilket hindrade dem från att visas i den sista Negro World Series. 1948 var också året som Wilkinson sålde monarkerna till Tom Baird som ägde laget genom sina mindre ligadagar på 1950-talet. monarkerna vann ligans western division första halvlek vimpel 1949, men vägrade att delta i slutspelet med Chicago American Giants, eftersom deras lista tappades av spelarförsäljning till major league-klubbar. De vann NAL West Division-titeln 1950 men mötte inte den östra mästaren Indianapolis clowner det året. De vann en halvsäsongsvimpel 1951 men förlorade en Slutspel. O ’ Neil vann sina enda två ligatitlar 1953 och 1955, med en sista plats mellan 1954 när Negro American League på 1950-talet minskade i kvalitet och krympte i storlek, medan han i processen grooming ett antal eventuella major league-spelare.