Dopo la morte della lega originale, i Monarchs passarono diversi anni come una squadra indipendente, principalmente nel Midwest, nell’Ovest e nel Canada occidentale. Hanno spesso in tour con la squadra di baseball House of David. Hall of Famers Hilton Smith, un lanciatore, e Willard Brown, un interbase slugging/outfielder con una media di battuta costante di oltre .300, divenne Monarch pilastri durante questo periodo. Durante il 1940, Willard Brown è diventato il go-to home run battitore per i Monarchs. Con Andy Cooper ora al timone, i Monarchs divennero membri fondatori della Negro American League nel 1937, vincendo il primo titolo della lega. Andy Cooper fu responsabile di aver guidato i Monarchi a portare a casa il gagliardetto nel 1939 e nel 1940. I Kansas City Monarchs vinsero poi i successivi due campionati di lega e vinsero vincendo le rinnovate Negro League World Series nel 1942 in quattro partite consecutive contro gli Homestead Grays.
All’inizio di questa corsa i Monarchs acquisirono il loro giocatore più famoso, il lanciatore della Hall of Fame Satchel Paige, che dalla sua stagione da rookie nel 1927 si era costruito una reputazione come il miglior hurler nel baseball nero per i Birmingham Black Barons, Pittsburgh Crawfords e molte altre squadre. Affetto da un infortunio al braccio e generalmente pensato per essere fatto, Paige si unì alla squadra B dei Monarchi nel 1939; nel 1940 si era ripreso ed era stato chiamato nella squadra principale dei Monarchi, dove divenne il loro miglior giocatore. Paige è stata oggetto di molte storie, sia vere che folcloristiche, ed è diventata una leggenda per le persone che non seguono nemmeno il baseball. Ad esempio, era noto per aver conosciuto gli outfielders per sedersi a terra dietro di lui mentre colpiva il battitore e c’era qualcuno sulla base che avrebbe potuto legare il gioco. Paige anche riscaldato prima pitching in un gioco lanciando attraverso un involucro di gomma come piatto di casa. Paige ha guidato un altro superbo staff di Monarchi che includeva il collega Hall of Famer Hilton Smith, il veterano Chet Brewer, Booker McDaniels, Jim LaMarque e molti altri. Hanno vinto un ultimo pennant NAL nel 1946, ma ha perso un sette partite World Series ai Newark Eagles; in questa serie, hanno perso quattro partite e ha vinto tre.
Nel 1945, UCLA stella del calcio e tenente dell’Esercito Jackie Robinson colpito .387 come interbase dei Monarchi. Divenne il primo Monarch a fare il salto nel baseball bianco, firmando con i Brooklyn Dodgers nel 1946. Ha rotto la linea di colore minor league nel 1946 con i Montreal Royals, e integrato la major league con i Dodgers nel 1947. Come baseball gradualmente desegregato alla fine degli anni 1940 e 1950, i Monarchi sviluppato una nicchia come il più importante sviluppatore di talento nero per le principali leghe. La squadra ha inviato più giocatori alle major di qualsiasi altra franchigia della Negro league, tra cui Robinson, Paige, Ernie Banks, Elston Howard, Hank Thompson e Willard Brown.
Newt Allen succedette a Cooper come manager nel 1941, e fu seguito da Frank Duncan nel 1942. Duncan rimase al timone per tutta la stagione 1947 vincendo due titoli di lega e un titolo mondiale. Dopo che Duncan si dimise, il primo baseman di lunga data Buck O’Neil prese il sopravvento. Poi i Monarchs persero il titolo di lega contro i Birmingham Black Barons nel 1948 che impedirono loro di apparire nelle ultime Negro World Series. Il 1948 fu anche l’anno in cui Wilkinson vendette i Monarchs a Tom Baird che possedeva la squadra durante i loro giorni di minor league negli anni 1950. I Monarchs vinsero il gagliardetto del primo tempo della western division della lega nel 1949, ma rifiutarono di partecipare a uno spareggio con i Chicago American Giants, poiché il loro roster era esaurito dalle vendite dei giocatori ai club della major league. Hanno vinto il titolo di NAL West Division nel 1950, ma non ha incontrato il campione orientale Indianapolis Clowns quell’anno. Hanno vinto un gagliardetto di mezza stagione nel 1951, ma ha perso uno spareggio. O’Neil ha vinto i suoi unici due titoli di lega nel 1953 e 1955, con un ultimo posto a sandwich tra nel 1954 come il Negro American League del 1950 è diminuito in qualità e si è ridotto in termini di dimensioni, mentre nel processo di governare un certo numero di eventuali giocatori della major league.