Après la mort de la ligue originale, les Monarchs ont passé plusieurs années en tant qu’équipe indépendante, principalement dans le Midwest, l’Ouest et l’ouest du Canada. Ils tournent fréquemment avec l’équipe de baseball House of David. Les membres du temple de la renommée Hilton Smith, un lanceur, et Willard Brown, un joueur d’arrêt-court / voltigeur avec une moyenne au bâton constante de plus de.300, sont devenus des piliers de Monarch pendant cette période. Au cours des années 1940, Willard Brown devient le frappeur attitré des Monarchs. Avec Andy Cooper maintenant à la barre, les Monarchs deviennent membres fondateurs de la Negro American League en 1937, remportant le premier titre de la ligue. Andy Cooper a été responsable de mener les Monarchs à ramener le fanion en 1939 et 1940. Les Monarchs de Kansas City remportent ensuite les deux championnats de ligue suivants et remportent la série mondiale renouvelée de la Negro League en 1942 en quatre matchs consécutifs contre les Grays de Homestead.
Au début de cette course, les Monarchs ont acquis leur joueur le plus célèbre, le lanceur du Temple de la renommée Satchel Paige, qui depuis sa saison recrue en 1927 s’était forgé une réputation de meilleur lanceur de baseball noir pour les Black Barons de Birmingham, les Crawfords de Pittsburgh et plusieurs autres équipes. Souffrant d’une blessure au bras et généralement considéré comme terminé, Paige rejoint l’équipe B des Monarchs en 1939; en 1940, il s’est rétabli et a été appelé dans l’équipe principale des Monarchs, où il est devenu leur meilleure carte de tirage. Paige a fait l’objet de nombreuses histoires, à la fois vraies et folkloriques, et est devenue une légende pour les gens qui ne suivent même pas le baseball. Par exemple, on savait qu’il savait que les voltigeurs s’asseyaient au sol derrière lui pendant qu’il frappait le frappeur et qu’il y avait quelqu’un sur la base qui pourrait éventuellement attacher le match. Paige s’est également réchauffée avant de lancer dans un match en jetant un emballage de gomme comme plaque à domicile. Paige a dirigé un autre superbe personnel des Monarques qui comprenait son compatriote Hilton Smith, le vétéran Chet Brewer, Booker McDaniels, Jim LaMarque et plusieurs autres. Ils ont remporté un dernier fanion NAL en 1946, mais ont perdu une série mondiale de sept matchs contre les Eagles de Newark; dans cette série, ils ont perdu quatre matchs et en ont remporté trois.
En 1945, la star du football de l’UCLA et lieutenant de l’armée Jackie Robinson a frappé.387 comme arrêt-court des Monarchs. Il devient le premier Monarque à faire le saut au baseball blanc, signant avec les Dodgers de Brooklyn en 1946. Il franchit la ligne de couleur des ligues mineures en 1946 avec les Royals de Montréal et intègre les ligues majeures avec les Dodgers en 1947. Alors que le baseball se dégrade progressivement à la fin des années 1940 et des années 1950, les Monarchs développent une niche en tant que principal développeur de talents noirs pour les ligues majeures. L’équipe a envoyé plus de joueurs dans les majeures que toute autre franchise de la Negro league, y compris Robinson, Paige, Ernie Banks, Elston Howard, Hank Thompson et Willard Brown.
Newt Allen succède à Cooper en tant que manager en 1941, et est suivi par Frank Duncan en 1942. Duncan reste à la tête de l’équipe durant la saison 1947, remportant deux titres de champion et un titre mondial. Après le départ de Duncan, le joueur de premier but de longue date Buck O’Neil a pris la relève. Puis les Monarchs ont perdu le titre de champion contre les Black Barons de Birmingham en 1948, ce qui les a empêchés de participer aux derniers Negro World Series. 1948 est également l’année où Wilkinson vend les Monarchs à Tom Baird, propriétaire de l’équipe dans les ligues mineures dans les années 1950. Les Monarchs remportent le fanion de la première moitié de la division ouest de la ligue en 1949, mais refusent de participer aux séries éliminatoires avec les Giants américains de Chicago, leur effectif étant épuisé par les ventes de joueurs aux clubs des ligues majeures. Ils ont remporté le titre de la division Ouest de la NAL en 1950, mais n’ont pas rencontré le champion de l’est des Clowns d’Indianapolis cette année-là. Ils ont remporté un fanion d’une demi-saison en 1951 mais ont perdu une série éliminatoire. O’Neil remporte ses deux seuls titres de champion en 1953 et 1955, avec une dernière place prise en sandwich en 1954 alors que la Ligue noire américaine des années 1950 décline en qualité et diminue en taille, tout en préparant un certain nombre de futurs joueurs des ligues majeures.