intruziunile europene timpurii și sultanatele emergente
faima Malacca ca răscruce a comerțului Asiatic a ajuns în Europa până la începutul secolului al 16-lea. Portughezii, care de un secol căutau o rută maritimă către Asia de Est, au ajuns în cele din urmă la Malacca în 1509, inaugurând o nouă eră a activității Europene în Asia de Sud-Est. Deși o mare parte din Asia de Sud-Est, inclusiv nordul Borneo, a avut un impact Occidental redus înainte de secolul al 19-lea, Malaya a fost una dintre primele regiuni care au fost perturbate. În 1511, o flotă Portugheză condusă de Afonso de Albuquerque a capturat Malacca.
deoarece puțini negustori din Malacca au ales să suporte taxele ridicate ale cuceritorilor și intoleranța față de Islam, orașul a dispărut în cele din urmă sub controlul portughez. Sultanatul din Aceh (Acheh) din nordul Sumatrei a sărit ulterior în vidul politic creat de declinul lui Malacca, iar în secolele 16 și începutul secolului 17 Acehnezii au fost profund implicați în afacerile peninsulare, luptând împotriva diferitelor Sultanate și uneori controlând unele sau majoritatea dintre ele. Într-adevăr, Autoritatea Portugheză insuficientă din Malacca abia a reușit să respingă atacurile repetate ale Sultanatului Aceh. Între timp, olandezii, după ce au înființat compania olandeză a Indiilor de Est în 1602, au apărut ca putere europeană dominantă în Asia de Sud-Est. În 1641, olandezii au confiscat Malacca și, deși au încercat să-și reînvie comerțul, orașul nu și-a recuperat niciodată gloria anterioară.
de-a lungul ascensiunii și căderii Malacca, noi Sultanate au apărut în altă parte a lumii Malay. De obicei, erau situate la gura unui râu major și căutau să controleze comerțul către și dinspre interior, care adesea era populat de popoare seminomadice, cum ar fi aborigenul Orang Asli („oameni originali”) din Malaya și diferitele popoare indigene din Borneo. Sultanatele mai tinere—cum ar fi Riau—Johor și Kedah, ambele pe peninsulă, și Brunei, pe coasta de nord a Borneo-a preluat unele dintre funcțiile comerciale ale Malacca și a înflorit timp de câteva secole. Islamul a ajuns în alte zone din nordul Borneo în secolele 15 și 16; multe popoare de coastă s-au convertit, dar majoritatea locuitorilor din interior au continuat să practice religiile locale până în secolul 20. Controlul politic Malay s—a răspândit, sultanii Brunei pretinzând o mare parte din ceea ce sunt astăzi Sarawak și Sabah-deși puterea lor reală a ajuns rareori mult dincolo de zona de coastă. Încercările Brunei de a controla interiorul au eșuat adesea, mai ales după ce oamenii agresivi Iban (Sea Dayak) și-au început migrațiile în zilele noastre Sarawak din vestul Borneo (secolele 16-18). Siamezii au ajuns să controleze unele dintre sultanatele din nordul Malaeziei, iar cea mai sudică parte a Thailandei actuale are încă o populație musulmană predominant malaeză. Sultanatele Malay au inclus multe căpetenii, adesea feudale. În consecință, războaiele din interiorul și între Sultanate au izbucnit din când în când. Din perspectiva europenilor, sistemul Sultanatului – cu sferele sale ierarhice, dar fluctuante de influență asupra populațiilor mobile—era instabil din punct de vedere politic.
în secolul al 17-lea, mulți oameni din Minangkabau au migrat din Sumatra de Vest în sud-vestul Malaya, aducând cu ei un sistem sociocultural matrilineal prin care proprietatea și autoritatea au coborât prin partea feminină. Ei și-au ales șefii dintre candidații aristocrați eligibili, un model care a fost încorporat în selecția contemporană a Malaeziei de rege. Mai târziu, Minangkabau a format o confederație de nouă state mici (Negeri Sembilan). Pluralismul politic al Malaya în secolul al 18-lea a facilitat, de asemenea, penetrarea pe scară largă a peninsulei de către Buginezi din sud-vestul Celebes (Sulawesi), o insulă mare la sud-est de Borneo, care face acum parte din Indonezia. Cu o reputație bine meritată ca comercianți maritimi, imigranții Buginezi au înființat Sultanatul Selangor pe coasta de vest a Malaya la mijlocul anilor 1700. la sud-est, au câștigat importanță în Sultanatul Johor, care, la vârful peninsulei, era un entrep comercial prosper care atrăgea comercianții asiatici și europeni. În ciuda mișcării continue a popoarelor din arhipelag în zonă, Malaya și nordul Borneo au rămas slab populate la începutul secolului al 19-lea. Mulți Malaezi de astăzi sunt descendenți ai imigranților din alte părți din Asia de Sud-Est arhipelagică care au sosit după 1800. Într-adevăr, imigranții din Java, Celebes și Sumatra au demonstrat o tendință de asimilare a comunității Malay existente în timp, proces care s-a accelerat constant odată cu creșterea naționalismului Malay și a educației vernaculare în anii 1930. Unele dintre tradițiile aduse de Minangkabau, javanezi și alți imigranți sunt încă practicate în districtele în care s-au stabilit, contribuind la numeroasele variații regionale ale culturii și limbii Malay.