Baltimore classificação

DNA virusesEdit

DNA do vírus têm genomas feito de ácido desoxirribonucleico (DNA) e são organizados em dois grupos: double-stranded DNA (dsDNA) vírus, e single-stranded DNA (ssDNA) de vírus. Eles são designados para três reinos separados: Duplodnaviria, Monodnaviria e Varidnaviria. Muitos ainda estão para ser atribuídos a um destes taxa.

Grupo I: virusesEdit de ADN de cadeia dupla

o primeiro grupo de Baltimore contém vírus que têm um genoma de DNA de cadeia dupla (dsDNA). Todos os vírus dsDNA têm seu mRNA sintetizado em um processo de três etapas. Em primeiro lugar, um complexo de pré-iniciação de transcrição liga-se ao DNA a montante do local onde a transcrição começa, permitindo o recrutamento de uma polimerase Rna Hospedeira. Em segundo lugar, uma vez que a RNA polimerase é recrutada, ela usa a cadeia negativa como um modelo para sintetizar cadeias de mRNA. Em terceiro lugar, a RNA polimerase termina a transcrição ao alcançar um sinal específico, como um local de poliadenilação.Os vírus dsDNA fazem uso de vários mecanismos para replicar seu genoma. A replicação bidirecional, na qual dois garfos de replicação são estabelecidos em um local de origem de replicação e se movem em direções opostas uma da outra, é amplamente utilizada. Um mecanismo de círculo rolante que produz cordões lineares enquanto progride em um ciclo em torno do genoma circular também é comum. Alguns vírus dsDNA usam um método de deslocamento de uma cadeia em que uma cadeia é sintetizada a partir de uma cadeia modelo, e uma cadeia complementar é então sintetizada a partir da cadeia sintetizada anterior, formando um genoma dsDNA. Por fim, alguns vírus dsDNA são replicados como parte de um processo chamado transposição replicativa em que um genoma viral no DNA de uma célula hospedeira é replicado para outra parte do genoma do hospedeiro.

dsDNA vírus pode ser subdividido entre aqueles que replicam no núcleo, e, como tal, são relativamente dependentes da célula hospedeira máquinas para transcrição e replicação, e aqueles que replicam no citoplasma, caso em que eles evoluíram ou adquirida seus próprios meios de execução de transcrição e replicação. os vírus dsDNA também são comumente divididos entre os vírus dsDNA de cauda, referindo-se aos membros do Reino Duplodnaviria, geralmente os bacteriófagos de cauda da ordem Caudovirales, e os vírus dsDNA de tailess ou não-cauda do Reino Varidnaviria.Os vírus dsDNA são classificados em três dos quatro reinos e incluem muitos táxons que não são classificados em um reino .:

• todos os vírus em Duplodnaviria são vírus dsDNA. Os vírus neste reino pertencem a dois grupos: bacteriófagos de cauda em Caudovirales e herpesvírus em Herpesvirales.
• em Monodnaviria, os membros da classe Papovaviricetes são vírus dsDNA. Os vírus em Papovaviricetes constituem dois grupos: papilomavírus e poliomavírus.
• todos os vírus em Varidnaviria são vírus dsDNA. Vírus neste reino incluem adenovírus, vírus gigantes, e poxvírus.
• Os seguintes táxons que não estão designados para um território exclusivamente conter dsDNA vírus:
  • Encomendas: Ligamenvirales
  • Família: Ampullaviridae, Baculoviridae, Bicaudaviridae, Clavaviridae, Fuselloviridae, Globuloviridae, Guttaviridae, Halspiviridae, Hytrosaviridae, Nimaviridae, Nudiviridae, Ovaliviridae, Plasmaviridae, Polydnaviridae, Portogloboviridae, Thaspiviridae, Tristomaviridae
  • Tipos: Dinodnavirus, Rhizidiovirus

Grupo II: virusesEdit de ADN de cadeia simples

o segundo grupo de Baltimore contém vírus que têm um genoma de DNA de cadeia simples (ssDNA). os vírus ssDNA têm a mesma maneira de transcrição que os vírus dsDNA. No entanto, como o genoma é de cadeia simples, ele é primeiramente feito em uma forma de cadeia dupla por uma DNA polimerase ao entrar em uma célula hospedeira. o mRNA é então sintetizado a partir da forma de cadeia dupla. A forma de cadeia dupla dos vírus ssDNA pode ser produzida diretamente após a entrada em uma célula ou como consequência da replicação do genoma viral. Os vírus eucarióticos ssDNA são replicados no núcleo.

a maioria dos vírus ssDNA contém genomas circulares que são replicados através da replicação em círculo rolante (RCR). RCR ssDNA é iniciado por uma endonuclease que liga e cliva a cadeia positiva, permitindo que uma DNA polimerase use a cadeia negativa como um modelo para replicação. Replicação progride em um loop de todo o genoma, por meio de estender o 3′-final do vertente positiva, deslocando os anteriores positiva fio, e a endonuclease cliva o positivo vertente novamente para criar um standalone do genoma que é ligated em um loop circular. O novo ssDNA pode ser empacotado em viriões ou replicado por uma DNA polimerase para formar uma forma de cadeia dupla para transcrição ou continuação do ciclo de replicação.

os Parvovírus contêm genomas de ssDNA lineares que são replicados através da replicação de grampos de cabelo rolantes (RHR), que é semelhante à RCR. Os genomas do parvovírus têm laços capilares em cada extremidade do genoma que repetidamente se desdobram e se repetem durante a replicação para mudar a direção da síntese de DNA para se mover para trás e para a frente ao longo do genoma, produzindo inúmeras cópias do genoma em um processo contínuo. Os genomas individuais são então excisados desta molécula pela endonuclease viral. No caso dos parvovírus, a cadeia sensorial positiva ou negativa pode ser embalada em capsídeos, variando de vírus para vírus.

quase todos os vírus ssDNA têm genomas sensoriais positivos, mas algumas exceções e peculiaridades existem. A família Anelloviridae é a única família ssDNA cujos membros têm genomas de sentido negativo, que são circulares. Os parvovírus, como mencionado anteriormente, podem embalar a cadeia de sentido positivo ou negativo em viriões. Por último, os bidnavírus agrupam as vertentes lineares positivas e negativas. Em qualquer caso, o sentido de vírus ssDNA, ao contrário dos vírus ssRNA, não é suficiente para separar os vírus ssDNA em dois grupos, uma vez que todos os genomas víricos ssDNA são convertidos em formas dsDNA antes da transcrição e replicação.

ssDNA os vírus são classificados em um dos quatro reinos, e incluem várias famílias que não estão designados para um realm:

• Em Monodnaviria, todos os membros, exceto vírus em Papovaviricetes são ssDNA vírus.
• as famílias não classificadas Anelloviridae e Spiraviridae são famílias de vírus ssDNA.
• os vírus da família Finnlakeviridae contêm genomas ssDNA. Finnlakeviridae é um membro proposto da Varidnaviria.

RNA virusesEdit

RNA vírus têm genomas feito de ácido ribonucleico (RNA), e compreendem três grupos: double-stranded RNA (dsRNA) vírus, sentido positivo single-stranded RNA (+ssRNA) de vírus, e de sentido negativo single-stranded RNA (-ssRNA) de vírus. A maioria dos vírus RNA são classificados no Reino Orthornavirae no Reino Ribovíria. As excepções são geralmente viroidas e outros agentes subvíricos, incluindo o vírus da hepatite D.

Grupo III: ARN de cadeia dupla virusesEdit

o terceiro grupo de Baltimore contém vírus que têm um genoma RNA de dupla cadeia (dsRNA). Depois de entrar em uma célula hospedeira, o genoma dsRNA é transcrito para mRNA a partir da cadeia negativa pela ARN polimerase viral ARN-dependente (RdRp). O ARNm pode ser utilizado para tradução ou replicação. MRNA de cadeia simples é replicado para formar o genoma dsRNA. O 5′ – end do genoma pode estar nu, tapado, ou ligado covalentemente a uma proteína viral.

dsRNA não é uma molécula produzida pelas células, por isso a vida celular evoluiu sistemas antivirais para detectar e inactivar dsRNA viral. Para neutralizar isso, muitos genomas dsRNA são construídos dentro dos capsídeos, evitando assim a detecção dentro do citoplasma da célula hospedeira. o mRNA é forçado a sair do capsid, a fim de ser traduzido ou ser translocado de um capsídeo maduro para um capsídeo da progênie. Embora os vírus dsRNA tipicamente tenham capsídeos, os vírus das famílias Amalgaviridae e Endornaviridae não foram observados para formar viriões e, como tal, aparentemente não possuem capsídeos. Endornavírus também são incomuns na medida em que, ao contrário de outros vírus RNA, eles possuem uma única estrutura de leitura aberta (ORF), ou porção translatável, e um nick específico local na região de 5′ da cadeia positiva.

dsRNA vírus são classificados em dois filos do reino Orthornavirae do reino Riboviria:

• Todos os vírus em Duplornaviricota são vírus dsRNA.
• Em Pisuviricota, todos os membros da classe Duplopiviricetes são vírus dsRNA.

grupo IV: ARN virusesedit de sentido positivo

o quarto grupo de Baltimore contém vírus que têm um sentido positivo do genoma RNA (+ssRNA). Para os vírus + ssRNA, o genoma funciona como mRNA, então nenhuma transcrição é necessária para a tradução. No entanto ,os vírus + ssRNA também produzirão cópias sensoriais positivas do genoma a partir de cadeias sensoriais negativas de um genoma intermédio dsRNA. Isto atua como uma transcrição e um processo de replicação, uma vez que o RNA replicado também é mRNA. O 5′ – end pode estar nu, tapado ou ligado covalentemente a uma proteína viral, e o 3′-end pode estar nu ou poliadenilado.

muitos vírus ssRNA são capazes de ter apenas uma parte de seu genoma transcrito. Tipicamente, cadeias de ARN subgenômico (sgRNA) são usadas para a tradução de proteínas estruturais e de movimento necessárias durante estágios intermediários e tardios da infecção. sgRNA transcrição pode ocorrer por início de RNA, síntese de dentro do genoma, em vez de a partir da 5′-final, interrompendo a síntese de RNA em sequências específicas no genoma, ou, como uma parte de ambos os anteriores métodos, sintetizando líder sequências de RNA viral que está ligado, em seguida, sgRNA vertentes. Como a replicação é necessária para a síntese de sgRNA, o RdRp é sempre traduzido primeiro.

uma vez que o processo de replicação do genoma viral produz moléculas dsrna intermediárias, os vírus ssRNA podem ser visados pelo sistema imunitário da célula hospedeira. Para evitar a detecção ,os vírus + ssRNA replicam-se em vesículas associadas à membrana que são utilizadas como fábricas de replicação. A partir daí, apenas o vírus +ssRNA, que pode ser mRNA, entra na área citoplásmica principal da célula.

+os vírus ssRNA podem ser subdivididos entre aqueles que têm mRNA policistrónica, que codifica uma poliproteína que é clivada para formar múltiplas proteínas maduras, e aqueles que produzem mRNAs subgenômicas e, portanto, passam por duas ou mais rodadas de tradução. + os vírus ssRNA estão incluídos em três filos no Reino Orthornavirae no Reino Riboviria:

• todos os vírus em Lenarviricota são +vírus ssRNA.
• todos os vírus em Pisuviricota são vírus + ssRNA, excluindo a classe Duplopiviricetes, cujos membros têm genomas dsRNA.
• todos os vírus no Kitrinoviricota são vírus + ssRNA.

Grupo V: sentido negativo single-stranded RNA virusesEdit

O quinto Baltimore grupo contém vírus que tem um sentido negativo, single-stranded RNA (-ssRNA) do genoma. o mRNA, que é sentido positivo, é transcrito diretamente do genoma do sentido negativo. O primeiro processo de transcrição-ssRNA envolve a ligação RdRp a uma sequência líder na extremidade 3′ do genoma, transcrevendo um RNA-líder trifosfato de 5′ que é tapado, em seguida, parando e reiniciando em um sinal de transcrição que é tapado, continuando até que um sinal de parada é alcançado. A segunda maneira é semelhante, mas em vez de sintetizar uma tampa, o RdRp pode fazer uso da remoção da tampa, em que uma sequência curta de células hospedeiras mRNA é tomada e usada como a tampa de 5′ do mRNA viral. Genómico-ssRNA é replicado do antigenoma de sentido positivo de uma forma semelhante à transcrição, exceto no reverso usando o antigenoma como um modelo para o genoma. O RdRp passa do 3 ‘- end para o 5’-end do antigenoma e ignora todos os sinais de transcrição quando sintetiza o genômico-ssRNA.

vários vírus ssRNA usam mecanismos especiais para a transcrição. A forma de produzir a cauda de polyA pode ser através da gaguez da polimerase, durante a qual o RdRp transcreve uma adenina de uracil e então se move de volta na sequência de RNA com o mRNA para transcrevê-la novamente, continuando este processo inúmeras vezes até que centenas de adeninas foram adicionadas ao fim de 3’do mRNA. Além disso, alguns vírus-ssRNA são ambisense, uma vez que ambas as cadeias positivas e negativas codificam separadamente proteínas virais, e estes vírus produzem duas cadeias de mRNA separadas: uma diretamente do genoma e uma de uma cadeia complementar.

-os vírus ssRNA podem ser subdivididos informalmente entre aqueles que têm genomas não-segmentados. Os vírus não-segmentados-ssRNA replicam-se no citoplasma, e os vírus segmentados-ssRNA replicam-se no núcleo. Durante a transcrição, o RdRp produz uma cadeia monocistrónica de ARNm a partir de cada segmento do genoma. Todos -ssRNA os vírus são classificados no filo Negarnaviricota no reino Orthornavirae no reino Riboviria. Negarnaviricota contém apenas vírus-ssRNA, então “- ssRNA virus ” é sinônimo de Negarnaviricota. Negarnaviricota está dividida em dois subfyla: Haploviricotina, cujos membros sintetizam uma estrutura cap sobre o ARNm viral necessário para a síntese de proteínas, e Poliploviricotina, cujos membros, em vez disso, obtêm tampas no ARNm através do corte da tampa.

transcrição reversa virusesEdit

transcrição reversa (RT) os vírus têm genomas feitos de ADN ou ARN e replicados através de transcrição reversa. Existem dois grupos de vírus de transcrição reversa: vírus RNA-RT de cadeia simples (ssRNA-RT) e vírus ADN-RT de cadeia dupla (dsDNA-RT). Os vírus de transcrição reversa são classificados no Reino Pararnavirae no Reino Riboviria.

Grupo VI: single-stranded RNA vírus com DNA intermediateEdit

O sexto Baltimore grupo contém vírus que tem um positivo (sentido) single-stranded RNA do genoma que tem um DNA intermediário ((+)ssRNA-RT) em seu ciclo de replicação. os vírus ssRNA-RT são transcritos da mesma maneira que os vírus do DNA, mas seus genomas lineares são convertidos pela primeira vez para uma forma dsDNA através de um processo chamado transcrição reversa. A enzima transcriptase reversa viral sintetiza uma cadeia de DNA da cadeia ssRNA, e a cadeia de RNA é degradada e substituída por uma cadeia de DNA para criar um genoma dsDNA. O genoma é então integrado no DNA da célula hospedeira, onde é agora chamado de provírus. A RNA polimerase II da célula hospedeira transcreve então o RNA no núcleo a partir do ADN proviral. Alguns destes ARN podem tornar-se ARNm, enquanto outras cadeias se tornarão cópias do genoma viral para replicação.Os vírus ssRNA-RT estão todos incluídos na classe Revtraviricetes, filo Arterviricota, Reino Pararnavirae do Reino Ribovíria. Excluindo Caulimoviridae, que pertence ao grupo VII, todos os membros da ordem Orterviricetes Ortervirales são vírus ssRNA-RT.

Grupo VII: double-stranded DNA do vírus com RNA intermediateEdit

O sétimo Baltimore grupo contém vírus que tem um double-stranded DNA do genoma que tem um RNA intermediário (dsDNA-RT) em seu ciclo de replicação. os vírus dsDNA-RT têm uma lacuna em uma cadeia, que é reparada para criar um genoma dsDNA completo antes da transcrição. os vírus dsDNA-RT são transcritos da mesma forma que os vírus dsDNA, mas fazem uso da transcrição reversa para replicar seu genoma circular enquanto ainda está no capsid. A RNA polimerase II transcreve cadeias de RNA do genoma no citoplasma, e o genoma é replicado a partir dessas cadeias de RNA. O genoma dsDNA é produzido a partir de cadeias de ARN pré-genômico através do mesmo mecanismo geral que os vírus ssRNA-RT, mas com a replicação ocorrendo em um ciclo em torno do genoma circular. Após a replicação, o genoma dsDNA pode ser embalado ou enviado para o núcleo para mais rodadas de transcrição.Os vírus dsDNA-RT são, como o ssRNA-RT, todos incluídos na classe Revtraviricetes. Duas famílias de dsDNA-RT vírus são reconhecidos: Caulimoviridae, que pertence à ordem Ortervirales, e Hepadnaviridae, que é a única família da ordem Blubervirales.