politické intriky.
Savonarolův triumf byl příliš velký a příliš náhlý, aby nevznikl žárlivost a podezření. Proti němu byla vytvořena Florentská strana zvaná Arrabbiati. Tyto vnitřní nepřátelé spojenectví s mocnými zahraničních sil, z nichž nejdůležitější byli Vévoda z Milána a Papežem, který vstoupil do Svaté Ligy proti Králi Francie a viděl v Savonarola hlavní překážkou Florencie, které je spojují. To bylo pak, po rázné odmítnutí Ligy Florence, že Papež poslal k Savonarolovi stručný 21. července 1495, ve které pochválil zázračné plody Savonarola práce a nazval ho do Říma, aby vyslovit jeho proroctví z jeho vlastních úst. Vzhledem k tomu, že papež byl zkorumpovaný Alexander VI, Past byla příliš zřejmá. Savonarola požádal, aby mu bylo umožněno odložit cestu, nabízet nemoc jako omluvu.
Papež se zdál být spokojený, ale na 8. září, pod tlakem od jeho politických přátel a Savonarola nepřátele, poslal mu druhou stručný, ve kterém chválí proměnil v urážení. Nařídil mu, aby šel do Bologny pod bolestí exkomunikace. Savonarola odpověděl na tento podivný dokument s úctou a poukázal na to, že v něm není méně než 18 chyb. Krátký byl nahrazen jiným z 16. října, ve kterém mu bylo zakázáno kázat. Jak sám papež upřímně přiznal, trvala na tom Svatá Liga. Po několika měsících, jak se přiblížil půst 1496, Alexander VI, zatímco odmítl florentské velvyslance formální zrušení zákazu, to ústně připustil. Savonarola tak mohl dát svá kázání o Amosovi, mezi jeho nejlepší a nejsilnější, ve kterém zaútočil na římský dvůr s obnovenou energií. Zdálo se také, že odkazoval na papežův skandální soukromý život,a ten se tím urazil. Vysokoškolské teologů nenašel nic kritizovat, co mnich řekl, tak, že po Půstu byl schopen začít bez dalšího rozklady z Říma, kázání na Ruth a Micah.
v té době, jak rostla Savonarolova autorita, se ho papež pokusil získat tím, že mu nabídl kardinálský klobouk. Odpověděl: „červený klobouk? Chci klobouk krve.“Pak Alexander VI, tlačený ligou a Arrabbiati, nasadil nový útok. V krátkém listopadu. 7, 1496, začlenil Kongregaci San Marco, jehož Savonarola byl vikářem, s jiným, ve kterém by ztratil veškerou svou autoritu. Pokud by uposlechl, jeho reformy by byly ztraceny. Kdyby neuposlechl, byl by exkomunikován. Savonarola však při razantním protestu neuposlechl, protože se nikdo nepřihlásil, aby dal brief v platnost. Proto pokračoval v Adventu 1496 a postil 1497 se svou sérií kázání o Ezechielovi. Během karnevalové sezóny toho roku získala jeho autorita symbolický hold v „spalování marností“,“ když byly spáleny osobní ozdoby, oplzlé obrázky, karty, a hrací stoly. Zničení knih a uměleckých děl bylo zanedbatelné.
Události v Itálii nyní obrátil proti Savonarolovi, nicméně, a to i ve Florencii jeho síla byla snížena nepříznivý politický a ekonomický vývoj. Vláda Arrabbiatiho ho přinutila přestat kázat a podněcovala proti němu svatokrádežné nepokoje v den Nanebevstoupení Páně. Arrabbiati získal od římského soudu, za finanční protiplnění, požadovaný býk exkomunikace proti svému nepříteli. V podstatě exkomunikace, kromě toho, že skrytá, byla plná takových zjevných chyb, formy a látky, jak vyjádřit to neplatné a Papež sám musel popřít. Florentská vláda se však marně snažila dosáhnout svého formálního stažení; jednalo se o širší politické otázky. Savonarola, pohlcená studiem a modlitbou, mlčela. Pouze tehdy, když Řím navrhované nehodný uspořádání, což odstoupení od vyslovení nedůvěry závislé na Florencii vstup do Ligy, on znovu šel do kazatelny (Půjčil 1498), aby ty kázání na Exodus, které poznamenaly jeho vlastní odchod z kazatelny a od života. Brzy byl umlčen interdiktem, kterým bylo město ohroženo. Neměl jinou cestu, než odvolání k církevní Radě, a začal se pohybovat tímto směrem, ale pak spálil dopisy knížatům, které již napsal, aby nezpůsobil nesouhlas v církvi. Jakmile byla tato cesta uzavřena, jediná zbývající vedla k mučednictví.