intrigas políticas.O triunfo de Savonarola foi demasiado grande e repentino para não dar origem a ciúmes e suspeitas. Um partido Florentino chamado Arrabbiati foi formado em oposição a ele. Estes inimigos internos formaram uma aliança com forças estrangeiras poderosas, principalmente o Duque de Milão e o Papa, que se uniram na Liga Santa contra o rei da França e viram em Savonarola o principal obstáculo para que Florença se juntasse a eles. Foi então, depois de uma firme rejeição da liga por Florença, que o Papa enviou a Savonarola o breve de 21 de julho de 1495, no qual ele elogiou os frutos milagrosos da obra de Savonarola e chamou-o a Roma para pronunciar suas profecias de seus próprios lábios. Como o Papa era o corrupto Alexandre VI, a armadilha era demasiado óbvia. Savonarola pediu permissão para adiar sua viagem, oferecendo doença como sua desculpa.O Papa parecia estar satisfeito, mas em 8 de setembro, sob pressão de seus amigos políticos e inimigos de Savonarola, ele enviou-lhe um segundo mandato em que os louvores se transformaram em vituperação. Ordenou-lhe que fosse para Bolonha, sob pena de excomunhão. Savonarola respondeu a este estranho documento com firmeza respeitosa, apontando nada menos que 18 erros nele. O mandato foi substituído por outro de 16 de outubro, no qual ele foi proibido de pregar. Como o próprio Papa francamente confessou, foi a Santa liga que insistiu. Depois de alguns meses, como a Quaresma de 1496 se aproximava, Alexandre VI, ao recusar aos embaixadores Florentinos uma revogação formal da proibição, concedeu verbalmente. Assim, Savonarola foi capaz de dar seus sermões sobre Amos, entre os seus melhores e mais vigorosos, em que atacou a Corte Romana com renovado vigor. Ele também parecia referir-se à escandalosa vida privada do Papa, e este último ficou ofendido com isso. Um colégio de teólogos não encontrou nada para criticar no que o frade tinha dito, de modo que depois da Quaresma ele foi capaz de começar, sem mais demostrações de Roma, os sermões sobre Rute e Micá.Na época, à medida que a Autoridade de Savonarola crescia, o Papa tentou conquistá-lo oferecendo-lhe um chapéu de Cardeal. Ele respondeu: “um chapéu vermelho? Quero um chapéu de sangue.”Então Alexandre VI, pressionado pela Liga e Arrabbiati, montou um novo ataque. In a brief of Nov. 7 de 1496, ele incorporou a congregação de São Marco, da qual Savonarola era Vigário, com outro no qual ele teria perdido toda a sua autoridade. Se ele obedecesse, suas reformas seriam perdidas. Se ele desobedecesse, seria excomungado. Savonarola, no entanto, enquanto protestava vigorosamente, não desobedeceu, porque ninguém se apresentou para colocar o mandato em vigor. Ele, portanto, continuou imperturbável no Advento de 1496 e emprestou 1497 com sua série de sermões sobre Ezequiel. Durante a temporada de carnaval daquele ano, sua autoridade recebeu um tributo simbólico na” queima das vaidades”, quando ornamentos pessoais, fotos obscenas, cartas e mesas de jogo foram queimadas. A destruição de livros e obras de arte era insignificante.
os acontecimentos na Itália voltaram-se agora contra Savonarola, no entanto, e mesmo em Florença o seu poder foi diminuído por desenvolvimentos políticos e económicos desfavoráveis. Um governo de Arrabbiati forçou-o a parar de pregar e incitou motins sacrílegos contra ele no Dia da Ascensão. Os Arrabbiati obtiveram da Corte Romana, por uma consideração financeira, o desejado touro de excomunhão contra seu inimigo. Com efeito, a excomunhão, além de ser sub-reptícia, estava cheia de erros de forma e substância tão óbvios que a tornavam nula e sem efeito, e o próprio Papa teve de a rejeitar. O governo florentino, no entanto, procurou em vão obter a sua retirada formal; questões políticas mais amplas estavam envolvidas. Absorvido pelo estudo e pela oração, Savonarola ficou em silêncio. Somente quando Roma propôs um acordo indigno, que fez depender a retirada da censura da entrada de Florença na liga, ele novamente entrou no púlpito (Quaresma 1498) para dar os sermões sobre o Êxodo que marcava sua própria partida do púlpito e da vida. Logo foi silenciado pelo interdito com o qual a cidade foi ameaçada. Ele não tinha outra saída senão um apelo a um concílio da igreja, e ele começou um movimento nesta direção, mas então queimou as cartas aos príncipes que ele já havia escrito, a fim de não causar dissensão dentro da Igreja. Uma vez que esta estrada foi fechada, a única restante levou ao martírio.