politiske intriger.
Savonarolas triumf var for stor og for pludselig til ikke at give anledning til jalousi og mistanke. Et florentinsk parti kaldet Arrabbiati blev dannet i opposition til ham. Disse interne fjender dannede en alliance med magtfulde udenlandske styrker, hvoraf først og fremmest var hertugen af Milano og paven, der havde tilsluttet sig Den Hellige Liga mod kongen af Frankrig og så I Savonarola den største hindring for, at Florence sluttede sig til dem. Det var derefter, efter en fast afvisning af ligaen af Florence, at paven sendte til Savonarola den 21.juli 1495, hvor han roste de mirakuløse frugter af Savonarolas arbejde og kaldte ham til Rom for at udtale sine profetier fra sine egne læber. Da paven var den korrupte Aleksandr VI, var fælden for åbenlys. Savonarola bad om at få lov til at udsætte sin rejse og tilbyde sygdom som sin undskyldning.
paven syntes at være tilfreds, men den 8.September, under pres fra sine politiske venner og Savonarolas fjender, sendte han ham en anden brief, hvor ros blev til vituperation. Han beordrede ham til at gå til Bologna under smerte af ekskommunikation. Savonarola svarede på dette mærkelige dokument med respektfuld fasthed og påpegede ikke mindre end 18 fejl i det. Den korte blev erstattet af en anden af 16.oktober, hvor han var forbudt at prædike. Som paven selv ærligt tilstod, var det Den Hellige Liga, der insisterede. Efter et par måneder, da fasten 1496 nærmede sig, indrømmede Aleksander VI, mens han nægtede de florentinske ambassadører en formel tilbagekaldelse af forbuddet, dette mundtligt. Således var Savonarola i stand til at holde sine prædikener om Amos, blandt hans fineste og mest kraftfulde, hvor han angreb Den Romerske domstol med fornyet kraft. Han syntes også at henvise til pavens skandaløse privatliv, og sidstnævnte overtrådte dette. Et teologkollegium fandt intet at kritisere i det, broderen havde sagt, så han efter fasten var i stand til uden yderligere remonstrancer fra Rom at begynde prædikenerne om Ruth og Mika.
på det tidspunkt, da Savonarolas autoritet voksede, forsøgte paven at vinde ham ved at tilbyde ham en kardinals hat. Han svarede: “en rød hat? Jeg vil have en hat af blod.”Så startede Aleksandr VI, presset af ligaen og Arrabbiati, et nyt angreb. I en kort af Nov. 7, 1496, indarbejdede han menigheden San Marco, hvoraf Savonarola var præst, med en anden, hvor han ville have mistet al sin autoritet. Hvis han adlød, ville hans reformer gå tabt. Hvis han var ulydig, ville han blive ekskommunikeret. Mens Savonarola protesterede kraftigt, var han imidlertid ikke ulydig, fordi ingen kom frem for at sætte Briefen i kraft. Han fortsatte derfor uforstyrret i Advent 1496 og lånte 1497 med sin række prædikener om Esekiel. I løbet af karnevalsæsonen det år modtog hans autoritet en symbolsk hyldest i “afbrænding af forfængelighed”, da personlige ornamenter, uhyggelige billeder, kort og spilleborde blev brændt. Ødelæggelse af bøger og kunstværker var ubetydelig.
begivenhederne i Italien vendte sig imidlertid nu mod Savonarola, og selv i Florence blev hans magt mindsket af ugunstige politiske og økonomiske udviklinger. En regering i Arrabbiati tvang ham til at stoppe med at forkynde og tilskyndede helligbrøde optøjer mod ham på Kristi Himmelfartsdag. Arrabbiati opnået fra Den Romerske domstol, for en økonomisk overvejelse, den ønskede bandlysning mod deres fjende. Faktisk var ekskommunikationen, udover at være skjult, fuld af så åbenlyse fejl i form og substans, at den blev ugyldig, og paven måtte selv afvise den. Den florentinske regering søgte imidlertid forgæves at opnå sin formelle tilbagetrækning; bredere politiske spørgsmål var involveret. Optaget af studier og bøn var Savonarola tavs. Først da Rom foreslog en uværdig ordning, der gjorde tilbagetrækning af mistilliden afhængig af Florens indtræden i ligaen, gik han igen ind på prædikestolen (fasten 1498) for at give de prædikener om udvandring, der markerede hans egen afgang fra prædikestolen og fra livet. Han blev snart tavs af det interdikt, som byen blev truet med. Han havde ingen anden udvej end en appel til et kirkeråd, og han begyndte et skridt i denne retning, men brændte derefter brevene til Fyrsterne, som han allerede havde skrevet, for ikke at forårsage uenighed i kirken. Når denne vej blev lukket, førte den eneste tilbageværende til martyrium.