politikai intrikák.
Savonarola győzelme túl nagy és túl hirtelen volt ahhoz, hogy ne keltsen féltékenységet és gyanakvást. Az Arrabbiati nevű firenzei párt ellene alakult. Ezek a belső ellenségek szövetséget kötöttek erős külföldi erőkkel, elsősorban Milánó hercegével és a pápával, akik csatlakoztak a Szent Ligához a francia király ellen, és Savonarolában látták Firenze csatlakozásának fő akadályát. Ez volt akkor, miután egy határozott elutasítása a Liga Firenze, hogy a pápa küldött Savonarola rövid július 21, 1495, amelyben dicsérte a csodálatos gyümölcseit Savonarola munkáját, és felhívta Rómába, hogy kimondani a próféciák a saját ajkáról. Mivel ez a pápa volt a korrupt Sándor vi, a csapda túl nyilvánvaló volt. Savonarola azt kérte, hogy halasszák el útját, ürügyként betegséget kínálva.
a pápa elégedettnek tűnt, de szeptember 8-án politikai barátai és Savonarola ellenségei nyomására küldött neki egy második levelet, amelyben a dicséretek vituperációvá váltak. Megparancsolta neki, hogy menjen Bolognába a kiközösítés fájdalma alatt. Savonarola tiszteletteljes szilárdsággal válaszolt erre a furcsa dokumentumra, rámutatva legalább 18 hibára. A rövidet egy másik október 16-i váltotta fel, amelyben tilos volt prédikálni. Ahogy maga a pápa őszintén bevallotta, a Szent Liga ragaszkodott hozzá. Néhány hónap múlva, amikor 1496-os Nagyböjt közeledett, Sándor Vi, miközben megtagadta a firenzei nagyköveteknek a tilalom hivatalos visszavonását, ezt szóban elismerte. Így Savonarola a legkiválóbbak és legerőteljesebbek között mondhatta el Amosról szóló prédikációit, amelyben újult erővel támadta meg a Római udvart. Úgy tűnt, hogy a pápa botrányos magánéletére is utal,ez utóbbi pedig megsértődött. A teológusok kollégiuma nem talált semmi kritikát abban, amit a szerzetes mondott, így Nagyböjt után, anélkül, hogy Rómából további tiltakozásokat tett volna, megkezdhette a ruthról és Mikeásról szóló prédikációkat.
abban az időben, ahogy Savonarola tekintélye nőtt, a pápa megpróbálta megnyerni őt azzal, hogy felajánlotta neki a bíboros kalapját. Azt válaszolta: “piros kalap? Egy kalap vért akarok.”Ezután Vi. Sándor, akit a Liga és az Arrabbiati nyomott, újabb támadást indított. Egy rövid November. 7, 1496, beépítette a San Marco gyülekezetét, amelynek Savonarola helytartó volt, egy másikkal, amelyben elvesztette volna minden tekintélyét. Ha engedelmeskedne, reformjai elvesznének. Ha nem engedelmeskedik, kiközösítik. Savonarola azonban, miközben erőteljesen tiltakozott, nem engedelmeskedett, mert senki sem jelentkezett a rövid hatályba léptetésére. Ezért zavartalanul folytatta Advent 1496-ban, és 1497-ben kölcsönadta az Ezékielről szóló prédikációsorozatát. Abban az évben a farsangi időszakban tekintélye jelképes tiszteletdíjat kapott a “hiúságok elégetésében”, amikor személyes díszeket, erkölcstelen képeket, kártyákat és játékasztalokat égettek el. A könyvek és műalkotások megsemmisítése elhanyagolható volt.
az olaszországi események azonban Savonarola ellen fordultak, és még Firenzében is gyengítették hatalmát a kedvezőtlen politikai és gazdasági fejlemények. Arrabbiati kormánya arra kényszerítette, hogy hagyja abba a prédikálást, és szentségtörő lázadásokat szított ellene a Mennybemenetel napján. Az Arrabbiati a Római bíróságtól pénzügyi ellenszolgáltatás fejében megszerezte az ellenségükkel szembeni kiközösítés kívánt bikáját. Valójában a kiközösítés, amellett, hogy burkolt volt, tele volt olyan nyilvánvaló formai és tartalmi hibákkal, amelyek semmissé tették, és a pápának magának kellett megtagadnia. A firenzei kormány azonban hiába törekedett hivatalos visszavonásának megszerzésére; szélesebb politikai kérdésekről volt szó. A tanulásban és az imában elmerülve Savonarola hallgatott. Csak amikor Róma egy méltatlan megállapodást javasolt, amely a bizalmatlanság visszavonását Firenze ligába való belépésétől tette függővé, ismét bement a szószékre (1498-ban Nagyböjt), hogy elmondja azokat a prédikációkat a kivonulásról, amelyek saját távozását jelentették a szószékről és az életből. Hamarosan elhallgattatta az a tilalom, amellyel a várost fenyegették. Nem volt más kiút, mint egy egyházi Tanácshoz fordulni, és ebbe az irányba indult, de aztán elégette a fejedelmeknek írt leveleket, amelyeket már írt, hogy ne okozzon viszályt az egyházon belül. Miután ezt az utat lezárták, az egyetlen megmaradt mártíromsághoz vezetett.