politiska intriger.
Savonarolas triumf var för stor och för plötslig för att inte ge upphov till svartsjuka och misstankar. Ett florentinskt parti som heter Arrabbiati bildades i opposition till honom. Dessa inre fiender bildade en allians med mäktiga utländska styrkor, varav främst hertigen av Milano och påven, som hade gått med i Holy League mot kungen av Frankrike och såg i Savonarola det största hindret för Florens Att gå med i dem. Det var då, efter ett fast avslag på ligan av Florens, Att påven skickade till Savonarola Briefen den 21 juli 1495, där han berömde de mirakulösa frukterna av Savonarolas arbete och kallade honom till Rom för att uttala sina profetior från sina egna läppar. Eftersom påven var den korrupta Alexander VI var fällan för uppenbar. Savonarola bad om att få skjuta upp sin resa och erbjuda sjukdom som ursäkt.
påven verkade vara nöjd, men den 8 September, under påtryckningar från sina politiska vänner och Savonarolas fiender, skickade han honom en andra kort där beröm förvandlades till vituperation. Han beordrade honom att åka till Bologna under smärta av excommunication. Savonarola svarade på detta konstiga dokument med respektfull fasthet och påpekade inte mindre än 18 misstag i det. Kortfattningen ersattes av en annan den 16 oktober, där han var förbjuden att predika. Som påven själv uppriktigt erkände var det den heliga ligan som insisterade. Efter några månader, när fastan 1496 närmade sig, medgav Alexander VI, medan han vägrade de florentinska ambassadörerna en formell återkallelse av förbudet, detta muntligt. Således Savonarola kunde ge sina predikningar på Amos, bland hans finaste och mest kraftfulla, där han attackerade den romerska domstolen med förnyad kraft. Han verkade också hänvisa till påvens skandalösa privatliv, och den senare blev förolämpad av detta. En högskola av teologer fann ingenting att kritisera vad munken hade sagt, så att efter fastan han kunde börja, utan ytterligare remonstrances från Rom, predikningar om Ruth och Mika.
vid den tiden, när Savonarolas auktoritet växte, försökte påven vinna honom genom att erbjuda honom en kardinalhatt. Han svarade: ”en röd hatt? Jag vill ha en hatt av blod.”Sedan monterade Alexander VI, pressad av ligan och Arrabbiati, en ny attack. I en kort Nov. 7, 1496, införlivade han församlingen San Marco, varav Savonarola var kyrkoherde, med en annan där han skulle ha förlorat all sin auktoritet. Om han lydde skulle hans reformer gå förlorade. Om han inte lydde skulle han bli bannlyst. Savonarola, men samtidigt protesterar kraftigt, inte olydiga, eftersom ingen kom fram för att sätta den korta i kraft. Han fortsatte därför ostörd i Advent 1496 och lånade 1497 med sin serie predikningar om Hesekiel. Under karnevalsäsongen det året fick hans auktoritet en symbolisk hyllning i” burning of the vanities”, när personliga ornament, otrevliga bilder, kort och spelbord brändes. Förstörelse av böcker och konstverk var försumbar.
händelserna i Italien vände sig nu mot Savonarola, och även i Florens minskade hans makt av ogynnsam politisk och ekonomisk utveckling. En regering Arrabbiati tvingade honom att sluta predika och hetsade vanhelgande upplopp mot honom på Kristi himmelsfärdsdag. Arrabbiati erhöll från den romerska domstolen, för ekonomiskt övervägande, den önskade tjuren av bannlysning mot deras fiende. I själva verket bannlysning, förutom att vara smyg, var full av sådana uppenbara fel i form och substans för att göra det ogiltigt, och påven själv var tvungen att förneka det. Den florentinska regeringen försökte dock förgäves få sitt formella tillbakadragande; bredare politiska frågor var inblandade. Absorberad i studier och bön var Savonarola tyst. Först när Rom föreslog ett ovärdigt arrangemang, som gjorde tillbakadragandet av censuren beroende av Florens inträde i ligan, gick han igen in i predikstolen (fastan 1498) för att ge de predikningar om Exodus som markerade hans egen avgång från predikstolen och från livet. Han tystades snart av interdikten som staden hotades med. Han hade ingen annan väg ut än en vädjan till ett kyrkoråd, och han började ett drag i denna riktning men brände sedan brev till furstarna som han redan hade skrivit, för att inte orsaka oenighet inom kyrkan. När denna väg stängdes ledde den enda kvarvarande till martyrskap.