intrigi politice.
triumful lui Savonarola a fost prea mare și prea brusc pentru a nu da naștere geloziei și suspiciunii. Un partid Florentin numit Arrabbiati a fost format în opoziție cu el. Acești dușmani interni au format o alianță cu forțe străine puternice, dintre care în primul rând au fost ducele de Milano și Papa, care s-au alăturat Ligii Sfinte împotriva regelui Franței și au văzut în Savonarola principalul obstacol în calea aderării Florenței la ei. Atunci, după o respingere fermă a Ligii de către Florența, Papa a trimis la Savonarola brief-ul din 21 iulie 1495, în care a lăudat roadele miraculoase ale operei lui Savonarola și l-a chemat la Roma pentru a-și pronunța profețiile de pe buzele sale. Deoarece acel papă era coruptul Alexandru al VI-lea, capcana era prea evidentă. Savonarola a cerut să i se permită să-și amâne călătoria, oferind boala ca scuză.
Papa părea să fie mulțumit, dar la 8 septembrie, sub presiunea prietenilor săi politici și a dușmanilor lui Savonarola, i-a trimis un al doilea scurt în care laudele s-au transformat în vituperare. I-a ordonat să meargă la Bologna sub durerea excomunicării. Savonarola a răspuns acestui document ciudat cu fermitate respectuoasă, subliniind nu mai puțin de 18 greșeli în el. Scurta a fost înlocuită cu alta din 16 octombrie, în care i s-a interzis să predice. După cum a mărturisit sincer Papa însuși, Liga Sfântă a insistat. După câteva luni, pe măsură ce se apropia Postul Mare din 1496, Alexandru al VI-lea, în timp ce refuza ambasadorilor florentini o revocare formală a interdicției, a recunoscut acest lucru verbal. Astfel, Savonarola a putut să-și țină predicile despre Amos, printre cele mai bune și mai puternice ale sale, în care a atacat Curtea romană cu o vigoare reînnoită. De asemenea, el părea să se refere la viața privată scandaloasă a Papei, iar acesta din urmă s-a ofensat de acest lucru. Un colegiu de teologi nu a găsit nimic de criticat în ceea ce spusese călugărul, astfel încât după Postul Mare a putut începe, fără alte mustrări din partea Romei, predicile despre Rut și Mica.
în acel moment, pe măsură ce autoritatea lui Savonarola creștea, Papa a încercat să-l cucerească oferindu-i o pălărie de cardinal. El a răspuns: „o pălărie roșie? Vreau o pălărie de sânge.”Apoi Alexandru al VI-lea, presat de ligă și Arrabbiati, a lansat un nou atac. Într-o scurtă de Nov. 7, 1496, a încorporat congregația din San Marco, din care Savonarola era vicar, cu un altul în care și-ar fi pierdut toată autoritatea. Dacă s-ar supune, reformele sale s-ar pierde. Dacă nu ar fi ascultat, ar fi excomunicat. Cu toate acestea, Savonarola, în timp ce protesta energic, nu s-a supus, pentru că nimeni nu s-a prezentat pentru a pune în vigoare brief-ul. Prin urmare, el a continuat neperturbat în Advent 1496 și a împrumutat 1497 cu seria sa de predici despre Ezechiel. În timpul sezonului de carnaval din acel an, autoritatea sa a primit un tribut simbolic în „arderea deșertăciunilor”, când au fost arse ornamente personale, imagini indecente, Cărți și mese de joc. Distrugerea cărților și a operelor de artă a fost neglijabilă.
evenimentele din Italia s-au întors acum împotriva lui Savonarola și chiar și în Florența puterea Sa a fost diminuată de evoluțiile politice și economice nefavorabile. Un guvern al lui Arrabbiati l-a forțat să înceteze predicarea și a incitat revolte sacrilegioase împotriva lui în ziua Înălțării. Arrabbiati a obținut de la Curtea romană, pentru o considerație financiară, Taurul dorit de excomunicare împotriva inamicului lor. De fapt, excomunicarea, pe lângă faptul că era ascunsă, era plină de erori atât de evidente de formă și substanță încât să o facă nulă și neavenită, iar Papa însuși a trebuit să o renege. Cu toate acestea, guvernul florentin a căutat în zadar să obțină retragerea sa formală; au fost implicate probleme politice mai largi. Absorbit în studiu și rugăciune, Savonarola a tăcut. Abia când Roma a propus un aranjament nedemn, care a făcut ca retragerea cenzurii să depindă de intrarea Florenței în Ligă, a intrat din nou în amvon (Postul Mare 1498) pentru a ține acele predici despre Exod care i-au marcat propria plecare de la amvon și din viață. În curând a fost redus la tăcere de interdicția cu care orașul a fost amenințat. Nu avea altă cale de ieșire decât un apel la un consiliu bisericesc și a început o mișcare în această direcție, dar apoi a ars scrisorile către prinți pe care le scrisese deja, pentru a nu provoca disensiuni în cadrul Bisericii. Odată ce acest drum a fost închis, singurul rămas a dus la martiriu.