Politische Intrigen.
Savonarolas Triumph war zu groß und zu plötzlich, um keinen Anlass zu Eifersucht und Misstrauen zu geben. Gegen ihn bildete sich eine florentinische Partei namens Arrabbiati. Diese inneren Feinde bildeten ein Bündnis mit mächtigen ausländischen Kräften, vor allem mit dem Herzog von Mailand und dem Papst, die sich dem Heiligen Bund gegen den König von Frankreich angeschlossen hatten und in Savonarola das Haupthindernis sahen, dass Florenz sich ihnen anschloss. Es war dann, nach einer festen Ablehnung der Liga von Florenz, dass der Papst geschickt, um Savonarola die kurze vom 21. Juli 1495, in dem er lobte die wunderbaren Früchte der Savonarola ’s Arbeit und rief ihn nach Rom zu sprechen, seine Prophezeiungen aus seinen eigenen Lippen. Da dieser Papst der korrupte Alexander VI. war, war die Falle zu offensichtlich. Savonarola bat darum, seine Reise verschieben zu dürfen, und bot Krankheit als Entschuldigung an.
Der Papst schien zufrieden zu sein, aber am 8. September sandte er ihm unter dem Druck seiner politischen Freunde und der Feinde Savonarolas einen zweiten Brief, in dem Lobpreisungen zu Rekuperationen wurden. Er befahl ihm, unter Androhung der Exkommunikation nach Bologna zu gehen. Savonarola antwortete auf dieses seltsame Dokument mit respektvoller Festigkeit und wies auf nicht weniger als 18 Fehler hin. Der Brief wurde durch einen anderen vom 16.Oktober ersetzt, in dem es ihm verboten war zu predigen. Wie der Papst selbst offen gestand, bestand die Heilige Liga darauf. Nach einigen Monaten, als die Fastenzeit 1496 näher rückte, Alexander VI., während er den florentinischen Botschaftern eine formelle Aufhebung des Verbots verweigerte, räumte dies mündlich ein. So konnte Savonarola seine Predigten über Amos halten, die zu seinen schönsten und kraftvollsten gehörten und in denen er den römischen Hof mit neuer Kraft angriff. Er schien sich auch auf das skandalöse Privatleben des Papstes zu beziehen, und dieser nahm dies Anstoß. Ein Kollegium von Theologen fand nichts zu kritisieren, was der Bruder gesagt hatte, so dass nach der Fastenzeit konnte er beginnen, ohne weitere Remonstranzen aus Rom, die Predigten über Ruth und Micha.
Zu dieser Zeit, als Savonarolas Autorität wuchs, versuchte der Papst ihn zu gewinnen, indem er ihm einen Kardinalhut anbot. Er antwortete: „Ein roter Hut? Ich will einen Hut aus Blut.“ Dann Alexander VI, von der Liga und Arrabbiati gedrückt, montiert einen neuen Angriff. In einem Brief vom Nov. 7, 1496, gründete er die Kongregation von San Marco, von denen Savonarola Vikar war, mit einem anderen, in dem er alle seine Autorität verloren hätte. Wenn er gehorchte, wären seine Reformen verloren. Wenn er ungehorsam wäre, würde er exkommuniziert. Savonarola protestierte jedoch energisch, gehorchte aber nicht, weil sich niemand meldete, um den Brief in Kraft zu setzen. Er ging daher im Advent 1496 und in der Fastenzeit 1497 mit seiner Predigtreihe über Hesekiel ungestört weiter. Während der Karnevalssaison in diesem Jahr erhielt seine Autorität einen symbolischen Tribut in der „Verbrennung der Eitelkeiten“, als persönliche Ornamente, unzüchtige Bilder, Karten und Spieltische verbrannt wurden. Die Zerstörung von Büchern und Kunstwerken war vernachlässigbar.
Die Ereignisse in Italien wandten sich nun jedoch gegen Savonarola, und selbst in Florenz wurde seine Macht durch ungünstige politische und wirtschaftliche Entwicklungen gemindert. Eine Regierung von Arrabbiati zwang ihn, mit dem Predigen aufzuhören, und stiftete am Himmelfahrtstag sakrilegische Unruhen gegen ihn an. Die Arrabbiati erhielten vom römischen Hof gegen eine finanzielle Gegenleistung den gewünschten Exkommunikationsbullen gegen ihren Feind. Tatsächlich war die Exkommunikation, abgesehen davon, dass sie heimlich war, voll von so offensichtlichen Fehlern in Form und Substanz, dass sie null und nichtig wurde, und der Papst selbst musste sie verleugnen. Die florentinische Regierung versuchte jedoch vergeblich, ihren formellen Rückzug zu erreichen; breitere politische Fragen waren beteiligt. In Studium und Gebet versunken, schwieg Savonarola. Erst als Rom eine unwürdige Anordnung vorschlug, die den Entzug der Zensur vom Eintritt Florentins in die Liga abhängig machte, ging er wieder auf die Kanzel (Fastenzeit 1498), um jene Predigten über den Exodus zu halten, die seine eigene Abkehr von der Kanzel und vom Leben markierten. Er wurde bald durch das Verbot zum Schweigen gebracht, mit dem die Stadt bedroht war. Er hatte keinen anderen Ausweg als einen Appell an einen Kirchenrat, und er begann eine Bewegung in diese Richtung, verbrannte dann aber die Briefe an die Fürsten, die er bereits geschrieben hatte, um innerhalb der Kirche keine Meinungsverschiedenheiten zu verursachen. Sobald diese Straße gesperrt war, führte die einzige verbliebene zum Martyrium.