intrygi polityczne.
triumf Savonaroli był zbyt wielki i zbyt nagły, aby nie wzbudzić zazdrości i podejrzeń. W opozycji do niego powstała partia Florencka zwana Arrabbiati. Ci wrogowie wewnętrzni zawarli sojusz z potężnymi siłami obcymi, z których najważniejszymi byli książę Mediolanu i Papież, którzy przyłączyli się do Świętej Ligi przeciwko królowi Francji i widzieli w Savonaroli główną przeszkodę w przyłączeniu się do nich Florencji. To właśnie wtedy, po zdecydowanym odrzuceniu Ligi przez Florencję, Papież wysłał do Savonaroli brief z 21 lipca 1495, w którym chwalił cudowne owoce dzieła Savonaroli i wezwał go do Rzymu, aby wypowiedział swoje proroctwa z własnych ust. Ponieważ tym papieżem był skorumpowany Aleksander VI, pułapka była zbyt oczywista. Savonarola poprosił o pozwolenie na odłożenie podróży, oferując chorobę jako wymówkę.
papież wydawał się zadowolony, ale 8 września, pod naciskiem swoich politycznych przyjaciół i wrogów Savonaroli, wysłał mu drugi brief, w którym pochwały zamieniły się w wituperację. Nakazał mu udać się do Bolonii pod groźbą ekskomuniki. Savonarola odpowiedział na ten dziwny dokument z szacunkiem stanowczo, wskazując na nie mniej niż 18 błędów. Brief został zastąpiony przez inny z 16 października, w którym zabroniono mu głoszenia kazań. Jak sam papież szczerze wyznał, to święta Liga nalegała. Po kilku miesiącach, gdy zbliżał się Wielki Post 1496, Aleksander VI, odmawiając ambasadorom florenckim formalnego cofnięcia zakazu, ustąpił z tego ustnie. W ten sposób Savonarola był w stanie wygłosić swoje kazania na temat Amosa, wśród jego najlepszych i najbardziej zdecydowanych, w których zaatakował Rzymski dwór z odnowioną energią. Zdawał się również odnosić do skandalicznego życia prywatnego Papieża, a ten ostatni się tym obraził. Kolegium teologów nie znalazło nic do krytykowania w tym, co zakonnik powiedział, tak, że po Wielkim Poście był w stanie rozpocząć, bez dalszych uwag z Rzymu, kazania na temat Rut i Micheasza.
w tym czasie, gdy władza Savonaroli rosła, Papież próbował go pozyskać, ofiarowując mu kapelusz kardynalski. Odpowiedział: „czerwony kapelusz? Chcę kapelusz pełen krwi. Następnie Aleksander VI, naciskany przez ligę i Arrabbiatiego, wykonał świeży atak. In a brief of Nov. 7 października 1496 roku włączył do Zgromadzenia św. Marka, którego Savonarola był wikariuszem, z którym utracił całą swoją władzę. Gdyby był posłuszny, jego reformy byłyby stracone. Gdyby nie posłuchał, zostałby ekskomunikowany. Savonarola jednak, protestując energicznie, nie sprzeciwił się, ponieważ nikt nie zgłosił się, aby wprowadzić brief w życie. Dlatego w Adwencie 1496 i Wielkim Poście 1497 kontynuował serię Kazań o Ezechielu. Podczas sezonu karnawałowego tego roku jego autorytet otrzymał symboliczny hołd w „spalaniu marności”, kiedy palono osobiste ozdoby, sprośne obrazy, karty i stoły do gier. Niszczenie książek i dzieł sztuki było znikome.
Wydarzenia we Włoszech obróciły się jednak przeciwko Savonaroli, a nawet we Florencji jego władza została osłabiona przez niekorzystny rozwój polityczny i gospodarczy. Rząd Arrabbiatiego zmusił go do zaprzestania głoszenia kazań i wzniecił świętokradzkie zamieszki przeciwko niemu w dniu Wniebowstąpienia. Arrabbiati uzyskali od Dworu Rzymskiego, za wynagrodzeniem finansowym, upragnioną bullę ekskomuniki przeciwko wrogowi. W rezultacie ekskomunika, poza tym, że była ukryta, była pełna tak oczywistych błędów formy i treści, że stała się nieważna, a sam papież musiał się jej wyrzec. Rząd florencki bezskutecznie dążył jednak do jego formalnego wycofania się; pojawiły się szersze problemy polityczne. Pochłonięty nauką i modlitwą Savonarola milczał. Dopiero gdy Rzym zaproponował niegodny układ, który uzależnił wycofanie wotum nieufności od wejścia Florencji do Ligi, ponownie wszedł na ambonę (Wielki Post 1498), aby wygłosić kazania na temat wyjścia, które oznaczały jego własne odejście od ambony i od życia. Wkrótce uciszył go interdykt, którym miasto było zagrożone. Nie miał innego wyjścia, jak tylko apel do Rady kościelnej i rozpoczął ruch w tym kierunku, ale potem spalił listy do książąt, które już napisał, aby nie powodować rozterek w kościele. Po zamknięciu tej drogi jedyną pozostałą prowadziła do męczeństwa.