poliittinen intrigues.
Savonarolan voitto oli liian suuri ja äkillinen, jotta se ei herättäisi kateutta ja epäluuloa. Häntä vastaan perustettiin firenzeläinen arrabbiati-puolue. Nämä sisäiset viholliset muodostivat liiton voimakkaiden ulkomaisten voimien kanssa, joista merkittävimpiä olivat Milanon herttua ja paavi, jotka olivat liittyneet Pyhään liittoon Ranskan kuningasta vastaan ja näkivät Savonarolassa suurimpana esteenä Firenzen liittymiselle heihin. Firenzen torjuttua liiton jyrkästi paavi lähetti Savonarolalle 21.heinäkuuta 1495 kirjelmän, jossa hän ylisti Savonarolan työn ihmehedelmiä ja kutsui hänet Roomaan lausumaan profetiansa omista huulistaan. Koska tuo paavi oli korruptoitunut Aleksanteri VI, ansa oli liian ilmeinen. Savonarola pyysi saada lykätä matkaansa tarjoten tekosyyksi sairauden.
paavi vaikutti tyytyväiseltä, mutta hän lähetti 8.syyskuuta poliittisten ystäviensä ja Savonarolan vihollisten painostuksesta hänelle toisen kirjelmän, jossa ylistykset muuttuivat vituperaatioksi. Hän määräsi hänet lähtemään Bolognaan kirkonkirouksen uhalla. Savonarola vastasi tähän outoon asiakirjaan kunnioittavan jämäkästi huomauttaen siinä peräti 18 virhettä. Kirjelmän tilalle tuli toinen lokakuun 16.päivä, jossa häntä kiellettiin saarnaamasta. Kuten paavi itse tunnusti suoraan, Pyhä liiga vaati sitä. Muutaman kuukauden kuluttua, vuoden 1496 paaston lähestyessä, Aleksanteri VI myönsi tämän suullisesti kieltäessään Firenzeläislähettiläiltä kiellon muodollisen kumoamisen. Näin Savonarola saattoi pitää parhaimpiinsa ja voimakkaimpiin lukeutuvan saarnansa Aamoksesta, jossa hän hyökkäsi Rooman hovia vastaan uudella tarmolla. Hän näytti viittaavan myös paavin skandaalinkäryiseen yksityiselämään, josta tämä loukkaantui. Muuan teologien kollegio ei löytänyt mitään arvosteltavaa siitä, mitä munkki oli sanonut, niin että paaston jälkeen hän saattoi aloittaa ilman uusia vastalauseita Roomasta ruutia ja Miikaa koskevat saarnat.
tuolloin Savonarolan vallan kasvaessa paavi yritti voittaa hänet puolelleen tarjoamalla hänelle kardinaalin hattua. Hän vastasi: ”punainen hattu? Haluan verihatun.”Sitten Aleksanteri VI ryhtyi liiton ja Arrabbiatin painostamana uuteen hyökkäykseen. Vuonna lyhyt Marraskuu. 7, 1496, hän liitti San Marcon seurakunnan, jonka kirkkoherrana Savonarola oli, ja toisen, jossa hän olisi menettänyt kaiken valtansa. Jos hän tottelisi, hänen uudistuksensa katoaisivat. Jos hän ei tottelisi, hänet julistettaisiin kirkonkiroukseen. Kiivaasti protestoidessaan Savonarola ei kuitenkaan ollut tottelematon, sillä kukaan ei ilmoittautunut velvoittamaan kirjelmää voimaan. Siksi hän meni levottomana adventtina 1496 ja lainasi 1497 hesekielistä pitämillään saarnoilla. Tuon vuoden karnevaaliaikana hänen auktoriteettinsa sai vertauskuvallisen kunnianosoituksen ”turhuuksien polttamisesta”, kun henkilökohtaisia koristeita, rivoja kuvia, kortteja ja pelipöytiä poltettiin. Kirjojen ja taideteosten tuhoaminen oli vähäistä.
tapahtumat Italiassa kääntyivät nyt kuitenkin Savonarolaa vastaan, ja firenzessäkin hänen valtansa väheni epäsuotuisan poliittisen ja taloudellisen kehityksen vuoksi. Arrabbiatin hallitus pakotti hänet lopettamaan saarnaamisen ja yllytti rienaavia mellakoita häntä vastaan helatorstaina. Arrabbiatit saivat roomalaiselta hovilta rahallista korvausta vastaan halutun härän kirkonkiroukseen vihollistaan vastaan. Sen lisäksi, että kirkonkirous oli salamyhkäinen, se oli itse asiassa täynnä sellaisia ilmeisiä muodon ja sisällön virheitä, jotka tekivät sen mitättömäksi, ja paavin itsensä oli kiellettävä se. Firenzen hallitus yritti kuitenkin turhaan saada muodollisen vetäytymisensä aikaan; asiaan liittyi laajempia poliittisia kysymyksiä. Savonarola oli vaiti opiskellessaan ja rukoillessaan. Vasta kun Rooma ehdotti arvotonta järjestelyä, joka teki epäluottamuslauseen peruuttamisen riippuvaiseksi Firenzen liittymisestä Kansainliittoon, hän meni jälleen saarnastuoliin (lainattu 1498) pitämään niitä saarnoja, jotka käsittelivät Exodusta, mikä merkitsi hänen omaa lähtöään saarnastuolista ja elämästä. Hänet vaiennettiin pian interdiktillä, jolla kaupunkia uhattiin. Hänellä ei ollut muuta ulospääsyä kuin vetoaminen kirkkoneuvostoon, ja hän aloitti liikkeen tähän suuntaan, mutta poltti sitten jo kirjoittamansa kirjeet ruhtinaille, jottei aiheuttaisi eripuraa kirkon sisällä. Kun tämä tie suljettiin, ainoa jäljellä oleva tie johti marttyyrikuolemaan.