A partir del edicto de Constantino I el Grande, en el año 313, y más particularmente a partir del concilio de Nicomedia, en el año 317, erigido en tribunal destinado a imponer a Arrio una primera confesión de fe bajo pena de excomunión, el dogma se define como norma de la «fe verdadera» como reacción a las desviaciones heréticas.
Más tarde, en el primer concilio de Nicea, se define como herética una doctrina divergente de la enseñanza oficial de la Iglesia y de sus dogmas consagrados por su autoridad (obispo, concilio) sobre la base de las Escrituras y la tradición. Posteriormente, autores como Agustín de Hipona se destacaron por su vehemencia en combatir las herejías cristianas y otras ideas como el maniqueísmo.
La herejía (casi sinónimo de heterodoxia) puede ser una ocasión de crear una nueva forma de ortodoxia. En el contexto del desarrollo de las heterodoxias de los siglos II y III, una heterodoxia se convierte en herejía a partir del momento de su condena por medio de un concilio.
Con el tiempo y a partir del Bajo Medioevo, la noción de herejía dentro del ámbito cristiano adquiere nuevos significados debido al número creciente de grupos y movimientos heterodoxos, no solo ni principalmente desde el punto de vista doctrinal, sino sobre todo disciplinar. Roberto Grosseteste, en el siglo XIII, ofreció una definición de la herejía medieval: «La herejía es una afirmación doctrinal que procede de una elección humana contraria a la Sagrada Escritura, manifestada abiertamente y sostenida tenazmente». Importante, por tanto, es recordar que la herejía en el Medioevo no implicaba solo la heterodoxia, sino también la pertinacia.
En 1656, el papa Alejandro VII, por medio de la bula Gratia Divina, definió la herejía como «la creencia, la enseñanza o la defensa de opiniones, dogmas, propuestas o ideas contrarias a las enseñanzas de la Santa Biblia, los Santos Evangelios, la Tradición y el magisterio».
La primera Inquisición, o tribunal de excepción encargado de combatir la herejía, la creó el papa Gregorio IX (1231).
La herejía se considera una tendencia y opción de negar las verdades fundamentales de la fe en los dogmas, sin respetar la tradición, el magisterio y la Sagrada Escritura, en la cual se fundamentan dichos dogmas.