Los seres humanos han sido conscientes indirectamente de los hongos desde que se horneó la primera barra de pan con levadura y la primera tina de mosto de uva se convirtió en vino. Los pueblos antiguos estaban familiarizados con los estragos de los hongos en la agricultura, pero atribuyeron estas enfermedades a la ira de los dioses. Los romanos designaron a una deidad en particular, Robigus, como el dios de la herrumbre y, en un esfuerzo por apaciguarlo, organizaron un festival anual, la Robigalia, en su honor.
Los hongos están por todas partes en cantidades muy grandes: en el suelo y el aire, en lagos, ríos y mares, en y dentro de las plantas y los animales, en la comida y la ropa, y en el cuerpo humano. Junto con las bacterias, los hongos son responsables de descomponer la materia orgánica y liberar carbono, oxígeno, nitrógeno y fósforo en el suelo y la atmósfera. Los hongos son esenciales para muchos procesos domésticos e industriales, especialmente la elaboración de pan, vino, cerveza y ciertos quesos. Los hongos también se utilizan como alimento; por ejemplo, algunos hongos, colmenillas y trufas son delicias epicúreas, y las micoproteínas (proteínas fúngicas), derivadas de los micelios de ciertas especies de hongos, se utilizan para hacer alimentos ricos en proteínas.
Los estudios de hongos han contribuido en gran medida a la acumulación de conocimientos fundamentales en biología. Por ejemplo, los estudios de levadura de panadería o de cerveza ordinaria (Saccharomyces cerevisiae) condujeron a descubrimientos de bioquímica celular básica y metabolismo. Algunos de estos descubrimientos pioneros se hicieron a finales del siglo XIX y continuaron durante la primera mitad del siglo XX. Desde 1920 hasta la década de 1940, genetistas y bioquímicos que estudiaron mutantes del molde de pan rojo, Neurospora, establecieron la teoría de un gen, una enzima, contribuyendo así a la fundación de la genética moderna. Los hongos siguen siendo útiles para estudiar biología celular y molecular, ingeniería genética y otras disciplinas básicas de la biología.
La relevancia médica de los hongos se descubrió en 1928, cuando el bacteriólogo escocés Alexander Fleming notó que el moho verde Penicillium notatum crecía en un plato de cultivo de bacterias estafilococos. Alrededor de la mancha de moho había un anillo transparente en el que no crecían bacterias. Fleming aisló con éxito la sustancia del moho que inhibía el crecimiento de bacterias. En 1929 publicó un informe científico anunciando el descubrimiento de la penicilina, el primero de una serie de antibióticos, muchos de ellos derivados de hongos, que han revolucionado la práctica médica.
Otro hongo médicamente importante es Claviceps purpurea, que comúnmente se llama cornezuelo de centeno y causa una enfermedad de las plantas del mismo nombre. La enfermedad se caracteriza por un crecimiento que se desarrolla en las hierbas, especialmente en el centeno. El cornezuelo de centeno es una fuente de varios productos químicos utilizados en medicamentos que inducen el trabajo de parto en mujeres embarazadas y que controlan la hemorragia después del nacimiento. El cornezuelo de centeno es también la fuente del ácido lisérgico, el principio activo del fármaco psicodélico dietilamida del ácido lisérgico (LSD). Otras especies de hongos contienen sustancias químicas que se extraen y se utilizan para producir medicamentos conocidos como estatinas, que controlan los niveles de colesterol y evitan las enfermedades coronarias. Los hongos también se utilizan en la producción de una serie de ácidos orgánicos, enzimas y vitaminas.